PDB-2qpp: Crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2) with bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qpp

タイトル

Crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2) with bound heme

要素

Heme oxygenase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HO-2 / HEME Oxygenase / Structural Genomics Medical Relevance / Structural Genomics Community Request / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Endoplasmic reticulum / Iron / Metal-binding / Microsome

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Comparison of Apo- and Heme-bound Crystal Structures of a Truncated Human Heme Oxygenase-2.
著者: Bianchetti, C.M. / Yi, L. / Ragsdale, S.W. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2007年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qpp.cif.gz	105.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qpp.ent.gz	80.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qpp_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qpp_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2qpp_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	2qpp_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/2qpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q32SC 2rgzC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rgz-d 6ha5-d 4w75-d 2z3n-d 2z3l-d 6dyw-d 2dps-d 4bnd-d 6wyr-2 6ip4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.91265

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heme oxygenase 2

B: Heme oxygenase 2

ヘテロ分子

62.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Heme oxygenase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Heme oxygenase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.977, 85.094, 97.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological unit is a dimer (chains A & B in ASU).

#1: タンパク質	Heme oxygenase 2 / HO-2 分子量: 30491.271 Da / 分子数: 2 / 変異: C127A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX2, HO2 / プラスミド: pGEX 4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P30519, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 1:1 ratio HEME, 2% DMSO, 0.050 M Potassium chloride, 0.050 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the Well solution (33% PEG DME 500, 0.020 M ...詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 1:1 ratio HEME, 2% DMSO, 0.050 M Potassium chloride, 0.050 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the Well solution (33% PEG DME 500, 0.020 M Magnesium chloride, 0.10 M HEPES pH 7.5). Cryoprotected with well solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 1:1 ratio HEME, 2% DMSO, 0.050 M Potassium chloride, 0.050 M Tris-HCl pH 7.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the Well solution (33% PEG DME 500, 0.020 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.32→42.413 Å / Num. obs: 24030 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.039 / Net I/σ(I): 16.268

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.32-2.4	1.8	0.715	0.776	752	1.137	27.4
2.4-2.5	3.1	0.815		1482	0.961	53.6
2.5-2.61	5.3	0.653		2127	0.966	77.1
2.61-2.75	9	0.562		2662	0.996	95.8
2.75-2.92	13.4	0.416		2775	1.037	100
2.92-3.15	14.8	0.268		2802	1.099	100
3.15-3.47	14.9	0.153		2778	1.065	100
3.47-3.97	14.5	0.085		2832	1.011	100
3.97-5	13.2	0.071		2833	1.067	99.3
5-42.413	13.5	0.049		2987	1.004	99.8

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.97 Å	39.02 Å
Translation	2.97 Å	39.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2Q32

2q32

解像度: 2.61→40.962 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.269 / WR_factor R_work: 0.213 / SU B: 20.685 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.549 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1005	5.15 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.205	19515	99.364 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.958 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.216 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.555 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→40.962 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3552	0	86	83	3721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.951	2.029	5049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.47	5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.971	25	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.542	15	676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.242	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.29	0.2	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.152	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.266	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.732	3	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.234	4	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.859	4	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.167	4	1597

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.61-2.678	0.413	69	0.305	1290	1442	94.244
2.678-2.751	0.324	65	0.285	1291	1374	98.69
2.751-2.83	0.294	64	0.269	1299	1364	99.927
2.83-2.917	0.263	77	0.253	1222	1299	100
2.917-3.012	0.248	69	0.237	1204	1273	100
3.012-3.117	0.279	67	0.229	1157	1225	99.918
3.117-3.234	0.281	71	0.212	1124	1195	100
3.234-3.365	0.289	54	0.207	1089	1143	100
3.365-3.514	0.247	58	0.214	1066	1124	100
3.514-3.684	0.253	55	0.19	992	1047	100
3.684-3.881	0.254	63	0.194	950	1013	100
3.881-4.114	0.286	44	0.184	914	958	100
4.114-4.395	0.173	52	0.169	847	905	99.337
4.395-4.743	0.208	45	0.181	798	855	98.596
4.743-5.189	0.208	44	0.189	735	780	99.872
5.189-5.789	0.267	35	0.231	690	725	100
5.789-6.663	0.398	26	0.222	611	637	100
6.663-8.107	0.258	22	0.189	534	556	100
8.107-11.247	0.139	12	0.144	428	441	99.773
11.247-40.962	0.418	13	0.218	269	284	99.296

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7934	0.8189	0.1946	2.6104	-0.1534	2.5292	-0.0044	0.2683	-0.2849	-0.0017	0.0709	-0.0175	0.1109	-0.1057	-0.0664	-0.1276	0.0463	-0.0738	-0.1631	-0.0739	-0.0645	25.3659	21.7848	6.633
2	3.7116	1.346	0.4004	5.5164	-0.9646	3.0735	-0.1187	0.0261	0.2258	0.0858	-0.0307	-0.5656	-0.3091	0.6285	0.1495	-0.1132	-0.0111	-0.0587	-0.0877	0.0287	-0.1371	49.5264	16.1659	29.0624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	29 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	87 - 128
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	129 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	203 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	219 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	31 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	65 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	115 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	135 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	164 - 178
11	X-RAY DIFFRACTION	2	B	179 - 248

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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