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- PDB-2qnk: Crystal structure of human 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qnk
タイトルCrystal structure of human 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
要素3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bicupin fold / cupin barrel / extradiol dioxygenase / metalloenzyme / trytophan catabolism / NAD+ synthesis / quinolinate / kynurenine pathway / Structural Genomics Medical Relevance / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


quinolinate metabolic process / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / NAD+ biosynthetic process / response to zinc ion ...quinolinate metabolic process / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / NAD+ biosynthetic process / response to zinc ion / response to cadmium ion / ferrous iron binding / neuron cellular homeostasis / electron transfer activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyanthranilate 3, 4-dioxygenase, metazoan / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Human 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0323
ポリマ－32,8781
非ポリマー1542
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.498, 78.227, 85.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-HAO / 3-hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase


分子量: 32878.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain / 遺伝子: HAAO / プラスミド: pVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834(DE3) P(RARE2)
参照: UniProt: P46952, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/ml Protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0031 M Sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (50% v/v 2-Methyl-2,4- ...詳細: Protein solution (10 mg/ml Protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0031 M Sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (50% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M PIPES pH 6.5) and cryoprotected with well solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97943, 0.96420
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979431
20.96421
反射解像度: 1.6→37.4 Å / Num. obs: 45122 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.238 / Net I/σ(I): 15.276
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.649.30.3774.103728601.0796.2
1.64-1.6810.70.3629291.0799.2
1.68-1.72120.29729641.07999.9
1.72-1.77130.26729821.143100
1.77-1.8313.90.23729821.204100
1.83-1.914.30.18829801.249100
1.9-1.9714.60.15229931.393100
1.97-2.0614.70.12629961.463100
2.06-2.1714.80.11130021.455100
2.17-2.3114.80.09330041.305100
2.31-2.4914.80.08429951.098100
2.49-2.7414.80.08330521.259100
2.74-3.1314.70.07330611.336100
3.13-3.9514.60.0530860.992100
3.95-37.413.90.04832361.28799.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 32.53 Å

IDR cullis acentricR cullis centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_10000405504460
ISO_20.7440.7691.7451.289403714447
ANO_10.52702.3080402120
ANO_20.72800.9580401850
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_17-32.530000402217
ISO_15.01-70000776219
ISO_14.1-5.0100001032228
ISO_13.56-4.100001236215
ISO_13.19-3.5600001425230
ISO_12.91-3.1900001573223
ISO_12.7-2.9100001727221
ISO_12.53-2.700001860223
ISO_12.38-2.5300001982231
ISO_12.26-2.3800002117230
ISO_12.16-2.2600002211225
ISO_12.06-2.1600002324219
ISO_11.98-2.0600002436229
ISO_11.91-1.9800002526228
ISO_11.85-1.9100002627231
ISO_11.79-1.8500002725224
ISO_11.74-1.7900002783222
ISO_11.69-1.7400002887227
ISO_11.64-1.6900002963216
ISO_11.6-1.6400002938202
ANO_17-32.530.33203.61504010
ANO_15.01-70.33303.94807760
ANO_14.1-5.010.42502.965010320
ANO_13.56-4.10.42703.107012360
ANO_13.19-3.560.40603.195014250
ANO_12.91-3.190.37203.485015730
ANO_12.7-2.910.36803.65017270
ANO_12.53-2.70.38503.495018600
ANO_12.38-2.530.39903.252019820
ANO_12.26-2.380.43303.016021170
ANO_12.16-2.260.45302.727022110
ANO_12.06-2.160.46902.651023240
ANO_11.98-2.060.53202.283024360
ANO_11.91-1.980.59301.92025260
ANO_11.85-1.910.63601.769026270
ANO_11.79-1.850.71501.495027250
ANO_11.74-1.790.75701.314027830
ANO_11.69-1.740.81101.132028800
ANO_11.64-1.690.86101.018028880
ANO_11.6-1.640.8900.928026830
ISO_27-32.530.50.5862.8381.939402217
ISO_25.01-70.5620.672.7841.802776219
ISO_24.1-5.010.6920.8082.0531.371032228
ISO_23.56-4.10.7340.8331.9411.2241236215
ISO_23.19-3.560.7410.7421.9071.2861425230
ISO_22.91-3.190.7350.742.0181.361573223
ISO_22.7-2.910.7440.7712.1271.5151727221
ISO_22.53-2.70.7420.7822.1221.3421860223
ISO_22.38-2.530.7290.7652.0481.3391982231
ISO_22.26-2.380.7520.7241.9121.2932116230
ISO_22.16-2.260.7740.7991.8161.2442211225
ISO_22.06-2.160.7580.8021.7761.1092324219
ISO_21.98-2.060.7620.8151.6741.1082436229
ISO_21.91-1.980.7580.8131.5440.9912525228
ISO_21.85-1.910.7520.8541.4560.8922625231
ISO_21.79-1.850.7740.7811.3510.8322725224
ISO_21.74-1.790.7890.861.2070.7482782222
ISO_21.69-1.740.8050.9361.0680.6582882225
ISO_21.64-1.690.8290.9170.9040.5532938212
ISO_21.6-1.640.850.9160.7620.5722794195
ANO_27-32.530.53501.39804020
ANO_25.01-70.52101.54807760
ANO_24.1-5.010.56601.397010320
ANO_23.56-4.10.56201.491012360
ANO_23.19-3.560.55801.46014250
ANO_22.91-3.190.54501.499015730
ANO_22.7-2.910.55101.536017270
ANO_22.53-2.70.5701.479018600
ANO_22.38-2.530.60701.315019820
ANO_22.26-2.380.64601.24021160
ANO_22.16-2.260.68601.077022110
ANO_22.06-2.160.71301.008023240
ANO_21.98-2.060.75800.901024360
ANO_21.91-1.980.8200.778025250
ANO_21.85-1.910.8600.678026250
ANO_21.79-1.850.89300.588027250
ANO_21.74-1.790.91400.53027820
ANO_21.69-1.740.93900.451028720
ANO_21.64-1.690.95900.392028830
ANO_21.6-1.640.97100.37026730
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
112.2755.40952.096SE12.691.74
23.59548.31464.75SE14.751.26
37.5718.93966.774SE27.821.24
44.07919.33161.985SE14.541.05
511.31610.043.444SE27.671.14
611.56425.89320.334SE20.760.51
79.92954.59370.056SE12.790.54
81.30951.06184.287SE26.750.81
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 45010
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.46-10041.50.903514
5.65-7.4643.70.94623
4.74-5.6539.60.942759
4.16-4.7439.30.955867
3.75-4.1640.30.948972
3.44-3.7541.20.9521062
3.2-3.44400.9491125
3-3.240.60.9431199
2.84-338.30.9341289
2.7-2.84410.9351342
2.57-2.741.80.9321419
2.47-2.5742.20.9281470
2.37-2.4737.70.931517
2.29-2.3741.50.9211588
2.21-2.2943.50.9271641
2.14-2.2142.90.9221705
2.08-2.14440.9161736
2.02-2.0844.90.9141749
1.97-2.0244.90.9071842
1.92-1.9747.10.8991910
1.88-1.9248.80.8911914
1.83-1.8849.90.8791948
1.79-1.8352.10.8642009
1.76-1.7955.80.8592065
1.72-1.7656.30.8692105
1.69-1.7259.40.8552118
1.66-1.6962.40.8242166
1.63-1.6667.40.8052157
1.6-1.6365.50.7382199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→30.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.188 / WRfactor Rwork: 0.163 / SU B: 2.49 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 2268 5.036 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.158 45034 99.476 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.034 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--1.025 Å20 Å2
3----1.004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2291 0 6 413 2710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.9713240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4125293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03923.565115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88915415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8421521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.37821488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21942346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.58361021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1168894
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.6410.2861260.2422966328494.153
1.641-1.6850.2771830.2163012322399.131
1.685-1.7340.2321590.1912960312599.808
1.734-1.7870.1981470.1782865301499.934
1.787-1.8460.1961360.1692808294799.898
1.846-1.910.2021500.162719287199.93
1.91-1.9820.21420.1542609275299.964
1.982-2.0630.1561480.14825242672100
2.063-2.1540.1691200.14924272547100
2.154-2.2590.1641040.15123392443100
2.259-2.380.2061250.14822262351100
2.38-2.5230.193950.15421202215100
2.523-2.6960.1711140.16119672081100
2.696-2.9110.163910.15118561947100
2.911-3.1860.161010.151701180399.945
3.186-3.5570.134810.13215751656100
3.557-4.0980.159800.1313701450100
4.098-4.9970.126630.12712051268100
4.997-6.9770.192670.1939341001100
6.977-30.920.181360.22358362199.678
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6570.03670.51181.23940.99921.40990.0081-0.0020.1877-0.21950.0568-0.1121-0.22540.2866-0.0649-0.0955-0.02570.0156-0.0456-0.0037-0.073139.769165.889230.9319
20.97220.1565-0.54920.78370.11533.07650.04860.07690.1673-0.0720.00180.0939-0.3327-0.1529-0.0504-0.11840.01230.0093-0.14330.0031-0.128828.952567.093816.7434
30.35230.7891-1.30543.8352-3.60315.0601-0.01890.0436-0.0183-0.063-0.099-0.06670.05190.14030.1178-0.10820.02090.017-0.086-0.0119-0.093340.727364.22224.3275
41.59010.0039-2.18630.31460.86335.4048-0.02110.0378-0.1136-0.07080.03990.06610.2882-0.3329-0.0188-0.0991-0.04980.0061-0.05-0.0018-0.082521.701752.662428.2523
51.2852-0.3727-1.5891.39510.64034.7161-0.0501-0.199-0.1719-0.00880.014-0.12720.41960.13130.0361-0.136-0.00960.0019-0.10960.0166-0.100931.996551.977435.5161
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 361 - 36
2237 - 10437 - 104
33105 - 172105 - 172
44173 - 225173 - 225
55226 - 285226 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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