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- PDB-2qmw: The crystal structure of the prephenate dehydratase (PDT) from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qmw
タイトルThe crystal structure of the prephenate dehydratase (PDT) from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
要素Prephenate dehydratase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / APC85812 / prephenate dehydratase (PDT) / Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


prephenate dehydratase / prephenate dehydratase activity / L-phenylalanine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tan, K. / Zhang, R. / Li, H. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structures of open (R) and close (T) states of prephenate dehydratase (PDT) - implication of allosteric regulation by L-phenylalanine.
著者: Tan, K. / Li, H. / Zhang, R. / Gu, M. / Clancy, S.T. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年8月7日ID: 2IQ8
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prephenate dehydratase
B: Prephenate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3187
ポリマ－60,0062
非ポリマー3125
水1,74797
1
A: Prephenate dehydratase
B: Prephenate dehydratase
ヘテロ分子

A: Prephenate dehydratase
B: Prephenate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,63714
ポリマ－120,0124
非ポリマー62510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.859, 87.406, 107.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The Chain A forms a dimer with its symmetry-related molecule (1-x,1-y,z). Similarly, the Chain B forms a dimer with its symmetry-related molecule (1-x,1-y,z). The two dimers form a tetramer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prephenate dehydratase / PDT


分子量: 30002.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1915 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99SX2, UniProt: A0A0H3K044*PLUS

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非ポリマー , 5種, 102分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Sodium citrate, 3M Sodium chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929, 0.97942
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月28日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979421
反射解像度: 2.3→45.88 Å / Num. all: 25930 / Num. obs: 25930 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 56.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1672 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→45.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 13.418 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2761 1320 5.1 %RANDOM
Rwork0.22488 ---
all0.22734 24569 --
obs0.22734 24569 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4042 0 20 97 4159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1141.9475621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4025506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.0225.233193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.46315674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8091510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21961
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.22805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.150.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1241.52554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99524140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.06331622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4744.51481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.355 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 88 -
Rwork0.219 1728 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28410.24650.03470.61660.20080.3706-0.0076-0.00960.0584-0.0267-0.02560.09320.0082-0.01290.0333-0.0592-0.0007-0.012-0.0623-0.00440.055122.395349.189945.4716
20.3956-0.2055-0.80270.11510.35582.0814-0.046-0.07990.0130.1193-0.0223-0.05650.20330.0870.06830.0725-0.0292-0.01110.0115-0.0274-0.155232.763933.8258-15.5051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2644 - 267
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 2644 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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