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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qlx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rhamnose mutarotase RhaU of Rhizobium leguminosarum in complex with L-Rhamnose | ||||||
要素 | L-rhamnose mutarotase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / RhaU / mutarotase / Rhizobium leguminosarum. L-rhamnose / Carbohydrate metabolism / Rhamnose metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-rhamnose mutarotase / L-rhamnose mutarotase activity / rhamnose catabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Carpena, X. / Loewen, P.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008 タイトル: RhaU of Rhizobium leguminosarum is a rhamnose mutarotase. 著者: Richardson, J.S. / Carpena, X. / Switala, J. / Perez-Luque, R. / Donald, L.J. / Loewen, P.C. / Oresnik, I.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qlx.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qlx.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qlx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qlx_validation.pdf.gz | 465.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qlx_full_validation.pdf.gz | 467.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qlx_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qlx_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/2qlx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 103 / Label seq-ID: 3 - 105
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12857.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌) 遺伝子: rhaM, rhaU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7BSH1, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ(光学異性の転換); 炭水化物およびその類縁体に作用 #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2M Sodium Formate, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 20% Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 23317 / Num. obs: 23317 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.051 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2169 / Χ2: 1 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2QLW 解像度: 2→28.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.428 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.591 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28.51 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1386 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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