[日本語] English
万見
- PDB-2qlk: Adenovirus AD35 fibre head -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qlk
タイトルAdenovirus AD35 fibre head
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / adenovirus / AD35 / Fibre / CD46-bindning
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 35 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Liaw, Y.-C. / Amiraslanov, I. / Wang, H. / Lieber, A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Identification of CD46 binding sites within the adenovirus serotype 35 fiber knob
著者: Wang, H. / Liaw, Y.C. / Stone, D. / Kalyuzhniy, O. / Amiraslanov, I. / Tuve, S. / Verlinde, C.L. / Shayakhmetov, D. / Stehle, T. / Roffler, S. / Lieber, A.
履歴
登録2007年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7502
ポリマ－23,6581
非ポリマー921
水1,13563
1
A: Fiber
ヘテロ分子

A: Fiber
ヘテロ分子

A: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2516
ポリマ－70,9753
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area6680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.831, 87.831, 53.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 Fiber / PIV


分子量: 23658.299 Da / 分子数: 1 / 断片: head domain residues 123-323 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 35 (ヒトアデノウイルス)
属: Mastadenovirus / 生物種: Human adenovirus B / 株: AD35 / プラスミド: pQE30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q67733, UniProt: Q7T925*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.6927.3
25.175.6
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein in 20mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 5mM DTT, reservoir: 30% PEG1000, 0.2M MgBr2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13B111
シンクロトロンNSRRC BL13C121
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年1月1日
ADSC QUANTUM 2102CCD2007年1月1日
放射モノクロメーター: Si (1,1,1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→30 Å / Num. all: 9568 / Num. obs: 9568 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.02-2.092.30.5016001.089158
2.09-2.182.90.4068401.078182.1
2.18-2.273.60.3739291.098190
2.27-2.394.20.33910191.084198.2
2.39-2.5450.28410181.0911100
2.54-2.745.40.20510341.0741100
2.74-3.025.60.12310271.0911100
3.02-3.455.60.08410361.0331100
3.45-4.355.50.05410311.0211100
4.35-305.40.04310341.0571100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.344 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.665
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H7Z

1h7z


解像度: 2.02→25.4 Å / FOM work R set: 0.815 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: throughtout / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 946 9.3 %random
Rwork0.2 ---
all0.216 9049 --
obs0.216 9049 89.2 %-
溶媒の処理Bsol: 73.282 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 44.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.54 Å20 Å20 Å2
2---7.54 Å20 Å2
3---15.079 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→25.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1435 0 6 63 1504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.02-2.060.397240.297249273
2.06-2.10.289430.284324367
2.1-2.150.273370.256395432
2.15-2.20.318430.235380423
2.2-2.250.306480.261413461
2.25-2.310.28440.231459503
2.31-2.380.275470.247463510
2.38-2.460.368450.257489534
2.46-2.550.29600.249451511
2.55-2.650.322660.222488554
2.65-2.770.265530.208499552
2.77-2.910.281620.203482544
2.91-3.10.276670.203500567
3.1-3.330.24610.185499560
3.33-3.670.234810.166487568
3.67-4.20.213610.161493554
4.2-5.290.213430.17531574
5.29-500.010.251610.206501562
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2gol.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る