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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qk7 | ||||||
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タイトル | A covalent S-F heterodimer of staphylococcal gamma-hemolysin | ||||||
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![]() | TOXIN / pore-forming toxin / beta-barrel / protein-protein interaction / molecular plasticity / covalent complex / Cytolysis / Hemolysis / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Roblin, P. / Guillet, V. / Maveyraud, L. / Mourey, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A covalent S-F heterodimer of leucotoxin reveals molecular plasticity of beta-barrel pore-forming toxins. 著者: Roblin, P. / Guillet, V. / Joubert, O. / Keller, D. / Erard, M. / Maveyraud, L. / Prevost, G. / Mourey, L. #1: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2006 タイトル: Engineered covalent leucotoxin heterodimers form functional pores: insights into S-F interactions 著者: Joubert, O. / Viero, G. / Keller, D. / Martinez, E. / Colin, D.A. / Monteil, H. / Mourey, L. / Dalla Serra, M. / Prevost, G. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence Author stated that these residues are conflicts between different sequence references. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The disulfide linked gamma-hemolysin heterodimer was prepared from variants HlgA T28C and HlgB N156C as described in Joubert et al., Biochem. J. (2006) 396, 381-389. The asymmetric unit contains the heterodimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32725.838 Da / 分子数: 1 / 変異: T57C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: hlgA, hlg2 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34880.570 Da / 分子数: 1 / 変異: N182C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: hlgB / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: covalent complex concentrated to 9 mg/ml in 50 mM MES-NaOH, 50 mM NaCl, pH 6.5. Needle and rod shape like crystals obtained in drops prepared by mixing two volumes of protein and one volume ...詳細: covalent complex concentrated to 9 mg/ml in 50 mM MES-NaOH, 50 mM NaCl, pH 6.5. Needle and rod shape like crystals obtained in drops prepared by mixing two volumes of protein and one volume of reservoir solution containing 10% polyethylene glycol 8000, 0.05 M Na citrate, pH 5.5. Reservoir volumes of 500 mul used, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2005年2月16日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) monochromator Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50.5 Å / Num. all: 32122 / Num. obs: 32122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entries 1LKF, 1T5R 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 6.109 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.121 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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