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- PDB-2qk7: A covalent S-F heterodimer of staphylococcal gamma-hemolysin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qk7
タイトルA covalent S-F heterodimer of staphylococcal gamma-hemolysin
要素
  • Gamma-hemolysin component A
  • Gamma-hemolysin component B
キーワードTOXIN / pore-forming toxin / beta-barrel / protein-protein interaction / molecular plasticity / covalent complex / Cytolysis / Hemolysis / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-hemolysin component A / Gamma-hemolysin component B / Bi-component gamma-hemolysin HlgAB/HlgCB subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Roblin, P. / Guillet, V. / Maveyraud, L. / Mourey, L.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: A covalent S-F heterodimer of leucotoxin reveals molecular plasticity of beta-barrel pore-forming toxins.
著者: Roblin, P. / Guillet, V. / Joubert, O. / Keller, D. / Erard, M. / Maveyraud, L. / Prevost, G. / Mourey, L.
#1: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2006
タイトル: Engineered covalent leucotoxin heterodimers form functional pores: insights into S-F interactions
著者: Joubert, O. / Viero, G. / Keller, D. / Martinez, E. / Colin, D.A. / Monteil, H. / Mourey, L. / Dalla Serra, M. / Prevost, G.
履歴
登録2007年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999sequence Author stated that these residues are conflicts between different sequence references.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-hemolysin component A
B: Gamma-hemolysin component B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6062
ポリマ－67,6062
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.000, 140.000, 73.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細The disulfide linked gamma-hemolysin heterodimer was prepared from variants HlgA T28C and HlgB N156C as described in Joubert et al., Biochem. J. (2006) 396, 381-389. The asymmetric unit contains the heterodimer.

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要素

#1: タンパク質 Gamma-hemolysin component A / H-gamma-2 / H-gamma-II


分子量: 32725.838 Da / 分子数: 1 / 変異: T57C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: hlgA, hlg2 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A074
#2: タンパク質 Gamma-hemolysin component B / H-gamma-1 / H-gamma-I


分子量: 34880.570 Da / 分子数: 1 / 変異: N182C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: hlgB / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A077, UniProt: Q57227*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: covalent complex concentrated to 9 mg/ml in 50 mM MES-NaOH, 50 mM NaCl, pH 6.5. Needle and rod shape like crystals obtained in drops prepared by mixing two volumes of protein and one volume ...詳細: covalent complex concentrated to 9 mg/ml in 50 mM MES-NaOH, 50 mM NaCl, pH 6.5. Needle and rod shape like crystals obtained in drops prepared by mixing two volumes of protein and one volume of reservoir solution containing 10% polyethylene glycol 8000, 0.05 M Na citrate, pH 5.5. Reservoir volumes of 500 mul used, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器日付: 2005年2月16日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) monochromator Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50.5 Å / Num. all: 32122 / Num. obs: 32122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1LKF, 1T5R

1lkf

1t5r


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 6.109 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 1625 5.1 %RANDOM
Rwork0.17953 ---
obs0.1825 30458 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20.2 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4303 0 0 173 4476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0281.9295964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8495539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.23925.047212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.36615717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2341514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21735
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.22865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2571.52782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15324359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.30131899
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8614.51605
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 127 -
Rwork0.207 2222 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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