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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qjf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ATP-sulfurylase domain of human PAPS synthetase 1 | ||||||
![]() | Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ATP-sulfurylase / PAPS-synthetase / monomer-dimer equillibrium | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / nucleotidyltransferase activity / skeletal system development ...3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / nucleotidyltransferase activity / skeletal system development / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sekulic, N. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: ATP-sulfurylase domain of human bifunctional PAPS-synthetase oscillates between dimeric and monomeric forms 著者: Sekulic, N. / Paarmann, I. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1i2dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46706.668 Da / 分子数: 2 / 断片: Sulfate adenylyltransferase domain, residue 220-624 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: mother liquor: 10% PEG 10K, 0.1M HEPES pH 7.0; protein solution: 10mg/ml, ATP-sulfurylase, 5mM APS, 25mM TRIS/HCl pH 7.5, 25mM KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91636501 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 44110 / Num. obs: 43915 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.66 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique all: 5482 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1i2d 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.842 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.968 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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