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- PDB-2qif: Crystal structure of a metallochaperone with a tetranuclear Cu(I)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qif
タイトルCrystal structure of a metallochaperone with a tetranuclear Cu(I) cluster
要素Copper chaperone copZ
キーワードCHAPERONE / TETRANUCLEAR CU(I) CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transport / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper ion binding protein / : / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 ...Copper ion binding protein / : / Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (I) ION / Copper chaperone CopZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者West, C. / Singleton, C. / Kihlken, M.A. / Le Brun, N.E. / Hemmings, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: A tetranuclear Cu(I) cluster in the metallochaperone protein CopZ.
著者: Hearnshaw, S. / West, C. / Singleton, C. / Zhou, L. / Kihlken, M.A. / Strange, R.W. / Le Brun, N.E. / Hemmings, A.M.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2002
タイトル: Copper-mediated dimerization of CopZ, a predicted copper chaperone from Bacillus subtilis
著者: Kihlken, M.A. / Leech, A.P. / Le Brun, N.E.
履歴
登録2007年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper chaperone copZ
B: Copper chaperone copZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,19710
ポリマ－14,6922
非ポリマー5048
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area7650 Å2
手法PISA
2
A: Copper chaperone copZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6836
ポリマ－7,3461
非ポリマー3375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Copper chaperone copZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5134
ポリマ－7,3461
非ポリマー1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)23.440, 74.692, 41.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A SINGLE COPY OF THE BIOLOGICAL UNIT

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Copper chaperone copZ / Copper-ion-binding protein


分子量: 7346.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 1A1 / 遺伝子: copZ, yvgY / プラスミド: pMKNC6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O32221

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非ポリマー , 5種, 174分子

#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: vapor batch / pH: 4.6
詳細: Crystallization by vapour batch using 12 microL drops in Terasaki plates covered with a thin layer of silicone oil and equilibrated against 10 % (v/v) isopropanol (24 h) then 20% (v/v) ...詳細: Crystallization by vapour batch using 12 microL drops in Terasaki plates covered with a thin layer of silicone oil and equilibrated against 10 % (v/v) isopropanol (24 h) then 20% (v/v) isopropanol for 4 days. 15% (v/v) glycerol added as cryoprotectant., pH 4.6, VAPOUR BATCH, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月24日
詳細: mirror; vertical focusing, glancing angle 3.5 mrad, 7.0 Ang. cut off, 1.2m long silicon substrate, rhodium coated, distance from source 16m
放射モノクロメーター: Si 111 optimised for 0.979 or 1.2 wavelength, horizontally focusing, distance from source 18m
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 41550 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Χ2: 2.19 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / Num. unique all: 3783 / Rsym value: 0.45 / Χ2: 2.636 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHELX位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→10 Å / Num. parameters: 11523 / Num. restraintsaints: 14831
Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ATOMIC ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTOR REFINEMENT
交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1753 1073 -RANDOM
all0.1302 20281 --
obs0.1302 20281 95.9 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 14 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1191.22
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1007 0 19 166 1192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0258
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.072

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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