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- PDB-2qhd: Crystal structure of ecarpholin S (ser49-PLA2) complexed with fat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qhd
タイトルCrystal structure of ecarpholin S (ser49-PLA2) complexed with fatty acid
要素Phospholipase A2ホスホリパーゼA2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / BETA SHEET (Βシート) / THREE HELICES / PROTEIN-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / ホスホリパーゼA2 / ホスホリパーゼA2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ラウリン酸 / Basic phospholipase A2 homolog ecarpholin S
類似検索 - 構成要素
生物種Echis carinatus (カーペットバイパー)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhou, X. / Tan, T.C. / Valiyaveettil, S. / Go, M.L. / Kini, R.M. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2008
タイトル: Structural Characterization of Myotoxic Ecarpholin S from Echis carinatus Venom
著者: Zhou, X. / Tan, T.C. / Valiyaveettil, S. / Go, M.L. / Kini, R.M. / Velazquez-Campoy, A. / Sivaraman, J.
履歴
登録2007年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2
B: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0784
ポリマ－27,6782
非ポリマー4012
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.096, 62.096, 124.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.9999, -0.0112, 0.0031), (0.0108, -0.7932, 0.6089), (-0.0044, 0.6089, 0.7932)174.4428, -1.514, 0.7045

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 / ホスホリパーゼA2 / Ecarpholin S/lauric acid complex / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 13838.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: snake venom gland
由来: (天然) Echis carinatus (カーペットバイパー)
参照: UniProt: P48650, ホスホリパーゼA2
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH8.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 30306 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.784 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.763.80.32126921.28387.1
1.76-1.835.80.23329820.34297.9
1.83-1.915.70.70129244.96695
1.91-2.026.40.55230103.95196.8
2.02-2.147.40.2130412.31598.4
2.14-2.317.70.40730232.70297.5
2.31-2.549.10.05230711.01499
2.54-2.919.20.05631070.93499.2
2.91-3.669.30.04131660.97799.4
3.66-509.70.02832901.04498.8

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å30.12 Å
Translation4 Å30.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QHE

2qhe


解像度: 1.95→30 Å / FOM work R set: 0.825 / σ(F): 838
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1957 9.4 %
Rwork0.228 --
obs-19796 94.7 %
溶媒の処理Bsol: 41.88 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 29.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.509 Å2-2.253 Å20 Å2
2---3.509 Å20 Å2
3---7.019 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1918 0 28 243 2189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.296
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1852
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1852.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 39

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.95-1.970.243410.238382423
1.97-1.980.333420.221395437
1.98-20.298530.208413466
2-2.020.258480.216378426
2.02-2.040.255440.246405449
2.04-2.060.325360.228434470
2.06-2.080.416510.34500551
2.08-2.110.241510.236402453
2.11-2.130.227490.218441490
2.13-2.150.236530.211444497
2.15-2.180.212450.198434479
2.18-2.20.27600.223435495
2.2-2.230.262360.226405441
2.23-2.260.482510.493475526
2.26-2.290.267420.25419461
2.29-2.330.308560.222441497
2.33-2.360.323540.22446500
2.36-2.40.342480.237481529
2.4-2.440.336520.237451503
2.44-2.480.285460.244464510
2.48-2.520.273510.213449500
2.52-2.570.333620.207479541
2.57-2.620.279360.234457493
2.62-2.680.293600.253479539
2.68-2.740.282500.246458508
2.74-2.810.294540.258464518
2.81-2.890.277650.235456521
2.89-2.970.333490.25490539
2.97-3.070.304550.248479534
3.07-3.180.364530.249470523
3.18-3.310.296480.254504552
3.31-3.460.215440.223492536
3.46-3.640.212590.207480539
3.64-3.860.227610.183482543
3.86-4.160.219430.188488531
4.16-4.580.221530.181508561
4.58-5.240.195530.188499552
5.24-6.590.225520.213520572
6.59-300.219510.206540591
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5lau.paramlau.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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