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- PDB-2qhb: Crystal structure of NgTRF complexed with telomeric DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qhb
タイトルCrystal structure of NgTRF complexed with telomeric DNA
要素
  • 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(P*TP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'
  • Telomere binding protein TBP1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / plant / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / telomere binding protein / NgTRF / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


green leaf volatile biosynthetic process / telomeric DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #220 / Telomere repeat-binding protein, plant / Telomere repeat-binding protein 1-like, ubiquitin-like domain / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Myb domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #220 / Telomere repeat-binding protein, plant / Telomere repeat-binding protein 1-like, ubiquitin-like domain / Myb-like domain profile. / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Myb domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Telomere binding protein TBP1
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana glutinosa (ナス科)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cho, H.-S. / Byun, J.-S. / Jun, S.-H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Complex structure of plant telomere bindig protein, NgTRF and telomere DNA
著者: Cho, H.-S. / Byun, J.-S. / Jun, S.-H. / Han, W. / Lee, W.
履歴
登録2007年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.ls_percent_reflns_obs
改定 1.32021年2月17日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(P*TP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*AP*AP*A)-3'
E: 5'-D(P*TP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*AP*AP*A)-3'
A: Telomere binding protein TBP1
B: Telomere binding protein TBP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5736
ポリマ－28,5736
非ポリマー00
水1,874104
1
C: 5'-D(P*TP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*AP*AP*A)-3'
B: Telomere binding protein TBP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2863
ポリマ－14,2863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
2
E: 5'-D(P*TP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*AP*AP*A)-3'
A: Telomere binding protein TBP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2863
ポリマ－14,2863
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.844, 70.844, 68.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*TP*AP*GP*GP*G)-3'


分子量: 2168.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(P*CP*CP*CP*TP*AP*AP*A)-3'


分子量: 2066.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Telomere binding protein TBP1


分子量: 10051.410 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 574-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana glutinosa (ナス科) / 遺伝子: NgTRF / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q84ZU4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 50mM CaCl2, 28% PEG MME 550, 0.1M Bis-tris pH6.5, EVAPORATION, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CaCl211
2PEG MME 55011
3Bis-tris11
4H2O11
5CaCl212
6PEG MME 55012
7Bis-tris12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日
放射モノクロメーター: si 4-crystal channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 15094 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.095
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique all: 1293 / Rsym value: 0.23

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CKX

2ckx


解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 754 RANDOM
Rwork0.251 --
obs-15094 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1409 578 0 104 2091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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