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万見
- PDB-2qha: From Structure to Function: Insights into the Catalytic Substrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qha
タイトルFrom Structure to Function: Insights into the Catalytic Substrate Specificity and Thermostability Displayed by Bacillus subtilis mannanase BCman
要素Beta-1,4-mannanase
キーワードHYDROLASE / Beta-barrel / His1-His23-Glu336 metal-binding motif / Disulfide bond / Shallow-dish-shaped active center
機能・相同性
機能・相同性情報


substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mannan endo-1,4-beta-mannosidase B/E / Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannan endo-1,4-beta-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Yan, X.X. / Liang, D.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: From Structure to Function: Insights into the Catalytic Substrate Specificity and Thermostability Displayed by Bacillus subtilis Mannanase BCman
著者: Yan, X.X. / An, X.M. / Gui, L.L. / Liang, D.C.
履歴
登録2007年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,4-mannanase
B: Beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5189
ポリマ－77,9262
非ポリマー5917
水16,376909
1
A: Beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3055
ポリマ－38,9631
非ポリマー3424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2134
ポリマ－38,9631
非ポリマー2503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.179, 58.785, 63.463
Angle α, β, γ (deg.)83.03, 82.42, 77.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Beta-1,4-mannanase / Beta-mannanase / BCman


分子量: 38963.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: Z-2 / 遺伝子: MAN / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5PSP8, mannan endo-1,4-beta-mannosidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 909 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.12
詳細: 7.5% PEG4000, 80mM sodium chloride, 100mM sodium citrate (pH5.12), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→8 Å / Num. all: 95614 / Num. obs: 95614 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 51.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique all: 95614 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.45→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.033 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18993 5158 5.1 %RANDOM
Rwork0.15823 ---
obs0.15984 95614 90.84 %-
all-95614 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.03 Å20.01 Å2
2--0.04 Å2-0.02 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5392 0 32 909 6333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.131.9287595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9355670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58124.571280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84715860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4911522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.22833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.23857
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7291.53409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13325384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12532541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4574.52211
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.08135950
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.6443911
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.99635423
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 364 -
Rwork0.237 6412 -
obs--85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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