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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qha | ||||||
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タイトル | From Structure to Function: Insights into the Catalytic Substrate Specificity and Thermostability Displayed by Bacillus subtilis mannanase BCman | ||||||
![]() | Beta-1,4-mannanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Beta-barrel / His1-His23-Glu336 metal-binding motif / Disulfide bond / Shallow-dish-shaped active center | ||||||
機能・相同性 | ![]() substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, X.X. / Liang, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: From Structure to Function: Insights into the Catalytic Substrate Specificity and Thermostability Displayed by Bacillus subtilis Mannanase BCman 著者: Yan, X.X. / An, X.M. / Gui, L.L. / Liang, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 297.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 251.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38963.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.12 詳細: 7.5% PEG4000, 80mM sodium chloride, 100mM sodium citrate (pH5.12), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月5日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→8 Å / Num. all: 95614 / Num. obs: 95614 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 51.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique all: 95614 / % possible all: 80.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.881 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.486 Å / Total num. of bins used: 20
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