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- PDB-2qgx: Ubiquitin-conjugating enzyme E2Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qgx
タイトルUbiquitin-conjugating enzyme E2Q
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1
キーワードLIGASE / ubiquitin conjugating protein / UBC / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin secretion / reproductive system development / fertilization / mating behavior / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / suckling behavior / ubiquitin conjugating enzyme activity / embryo implantation / filopodium / protein polyubiquitination ...prolactin secretion / reproductive system development / fertilization / mating behavior / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / suckling behavior / ubiquitin conjugating enzyme activity / embryo implantation / filopodium / protein polyubiquitination / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Neculai, D. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Walker, J.R. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Neculai, D. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Walker, J.R. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Sicheri, F. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2012
タイトル: A human ubiquitin conjugating enzyme (E2)-HECT E3 ligase structure-function screen.
著者: Sheng, Y. / Hong, J.H. / Doherty, R. / Srikumar, T. / Shloush, J. / Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Neculai, D. / Wan, J.W. / Kim, S.K. / Arrowsmith, C.H. / Raught, B. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4744
ポリマ－75,4744
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8681
ポリマ－18,8681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8681
ポリマ－18,8681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8681
ポリマ－18,8681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8681
ポリマ－18,8681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7372
ポリマ－37,7372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
手法PISA
6
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1
D: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7372
ポリマ－37,7372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.390, 60.390, 172.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細biological unit is 1/4 asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 Q1 / Ubiquitin-protein ligase Q1 / Ubiquitin carrier protein Q1 / Protein NICE-5


分子量: 18868.420 Da / 分子数: 4 / 断片: UBC domain; residues 248-414 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2Q1, NICE5, UBE2Q / プラスミド: pET28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Z7E8, ubiquitin-protein ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG4000, 0.1 M Tris-Cl, pH7.5, 0.12 M MgCl2, 1 mM DTT, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 15.81 / 数: 122268 / Rmerge(I) obs: 0.039 / D res high: 2.55 Å / Num. obs: 44274 / % possible obs: 96.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
5.438.72299.210.028
4.415.499.510.024
3.834.4197.710.03
3.423.8396.610.042
3.133.4299.310.068
2.893.1399.410.117
2.712.8999.610.202
2.552.7189.310.315
反射解像度: 2.55→38.722 Å / Num. obs: 22493 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 63.455 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 15.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
2.55-2.710.3153.114601657589.3
2.71-2.890.2025.120165695999.6
2.89-3.130.1178.618691642799.4
3.13-3.420.06813.416980586999.3
3.42-3.830.04221.214742524196.6
3.83-4.410.032713051463297.7
4.41-5.40.02431.611535400499.5
5.40.028328878312699.2

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.87 Å57.61 Å
Translation2.87 Å57.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZUO

1zuo


解像度: 2.56→38.722 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.807 / 立体化学のターゲット値: twin_lsq_f
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 1126 5.01 %
Rwork0.168 21367 -
obs-22493 99.06 %
溶媒の処理Bsol: 88.392 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 593.55 Å2 / Biso mean: 84.773 Å2 / Biso min: 23.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.559 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.559 Å2-0 Å2
3----17.118 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→38.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5020 0 0 90 5110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3381
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.6851
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0011
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0751
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.23891.50533.12793.48364.66627.86140.073-0.2427-0.02230.3930.1986-0.23540.5727-0.0235-0.27020.1347-0.0411-0.16080.437-0.03190.2848-37.164213.54318.3474
21.17690.07040.51311.35773.90868.23870.23510.0185-0.1910.25270.1923-0.10240.81990.0206-0.32690.44090.03660.00020.1447-0.01240.2622-43.9213-0.2212-23.6404
31.55141.1124-2.3163.8474-4.79518.03140.13340.56060.1291-0.28650.07480.25010.284-0.5318-0.33160.08070.07990.00290.43950.15470.1858-60.061527.2631-8.0752
41.15010.6697-2.63341.2128-1.4776.88780.22240.04880.13710.0290.28830.07380.268-0.323-0.35130.2484-0.1421-0.01380.20240.02330.2197-68.831414.26824.1603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 159
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC2 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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