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- PDB-2qgq: Crystal structure of TM_1862 from Thermotoga maritima. Northeast ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qgq
タイトルCrystal structure of TM_1862 from Thermotoga maritima. Northeast Structural Genomics Consortium target VR77
要素Protein TM_1862
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


[ribosomal protein uS12] (aspartate89-C3)-methylthiotransferase / aspartic acid methylthiotransferase activity / protein methylthiotransferase activity / tRNA modification / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tm_1862 like domain / Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO / TRAM domain / Methylthiotransferase / Methylthiotransferase, N-terminal / Methylthiotransferase, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0004 / Methylthiotransferase N-terminal domain profile. / Methylthiotransferase, conserved site / Methylthiotransferase radical SAM domain signature. ...tm_1862 like domain / Ribosomal protein S12 methylthiotransferase RimO / TRAM domain / Methylthiotransferase / Methylthiotransferase, N-terminal / Methylthiotransferase, N-terminal domain superfamily / Uncharacterized protein family UPF0004 / Methylthiotransferase N-terminal domain profile. / Methylthiotransferase, conserved site / Methylthiotransferase radical SAM domain signature. / pyruvate-formate lyase- activating enzyme / TRAM domain / Radical SAM, alpha/beta horseshoe / TRAM domain profile. / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Alpha-Beta Horseshoe / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal protein uS12 methylthiotransferase RimO
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Forouhar, F. / Neely, H. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Fang, Y. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. ...Forouhar, F. / Neely, H. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Fang, Y. / Chen, C.X. / Cunningham, K. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Post-translational Modification of Ribosomal Proteins: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF RimO FROM THERMOTOGA MARITIMA, A RADICAL S-ADENOSYLMETHIONINE METHYLTHIOTRANSFERASE.
著者: Arragain, S. / Garcia-Serres, R. / Blondin, G. / Douki, T. / Clemancey, M. / Latour, J.M. / Forouhar, F. / Neely, H. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Mulliez, E. / Fontecave, M. / Atta, M.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 1-134 ARE NOT VISIBLE IN THE CRYSTAL STRUCTURE. ACCORDING TO THE AUTHORS, THESE ...SEQUENCE RESIDUES 1-134 ARE NOT VISIBLE IN THE CRYSTAL STRUCTURE. ACCORDING TO THE AUTHORS, THESE RESIDUES WERE APPARENTLY CLEAVED BY SUBTILISIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TM_1862
B: Protein TM_1862
C: Protein TM_1862
D: Protein TM_1862
E: Protein TM_1862
F: Protein TM_1862
G: Protein TM_1862
H: Protein TM_1862
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,56212
ポリマ－283,6778
非ポリマー8854
水25,9781442
1
A: Protein TM_1862
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6812
ポリマ－35,4601
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein TM_1862
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6812
ポリマ－35,4601
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein TM_1862


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4601
ポリマ－35,4601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein TM_1862
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6812
ポリマ－35,4601
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Protein TM_1862


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4601
ポリマ－35,4601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Protein TM_1862
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6812
ポリマ－35,4601
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Protein TM_1862


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4601
ポリマ－35,4601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Protein TM_1862


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4601
ポリマ－35,4601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.620, 88.649, 96.039
Angle α, β, γ (deg.)89.98, 90.03, 89.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Protein TM_1862


分子量: 35459.566 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 135-430, see remark 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8, DSM 3109, JCM 10099 / 遺伝子: TM_1862 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9X2H6
#2: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 10
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM Sodium chloride, 20 micro-g/ml Subtilisin, 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM CAPS pH 10.0, 40% PEG 4000, 100 mM Sodium thiosulfate, ...詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM Sodium chloride, 20 micro-g/ml Subtilisin, 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM CAPS pH 10.0, 40% PEG 4000, 100 mM Sodium thiosulfate, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月31日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.67 Å / Num. all: 384919 / Num. obs: 384919 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.54 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→39.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 106775.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: XtalView program has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 33017 9.7 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 342108 86.6 %-
all-384919 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.2375 Å2 / ksol: 0.361765 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-1.45 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3---0.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17567 0 56 1443 19066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 2749 9.7 %
Rwork0.234 25510 -
obs--71.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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