PDB-2qf4: High resolution structure of the major periplasmic domain from th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qf4

タイトル

High resolution structure of the major periplasmic domain from the cell shape-determining filament MreC (orthorhombic form)

要素

Cell shape determining protein MreC

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / filament a-lytic protease fold

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Lovering, A.L. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: High-resolution Structure of the Major Periplasmic Domain from the Cell Shape-determining Filament MreC.
著者: Lovering, A.L. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2007年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qf4.cif.gz	156.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qf4.ent.gz	124.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qf4_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qf4_full_validation.pdf.gz	467.3 KB	表示
XML形式データ	2qf4_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	2qf4_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/2qf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qf5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nto-3 2grj-6 6onu-3 2mz8-d 4nt1-1 5h7f-d 4nto-1 4o1n-1 6onu-2 6mm1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cell shape determining protein MreC

B: Cell shape determining protein MreC

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell shape determining protein MreC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell shape determining protein MreC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.247, 70.362, 89.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cell shape determining protein MreC 分子量: 18227.457 Da / 分子数: 2 / 断片: Major Periplasmic Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: R6 / 遺伝子: mreC / プラスミド: pET41 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DMY2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na Acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium sulfate, 12.5% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→55.385 Å / Num. obs: 99707 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 14257 / R_sym value: 0.472 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→55.385 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.045 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.167	4983	5 %	RANDOM
R_work	0.144	-	-	-
all	0.145	-	-	-
obs	0.145	99637	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→55.385 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2498	0	17	439	2954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.674	1.966	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.131	3	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.21	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.728	26.577	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.784	15	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.184	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.272	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.312	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.304	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.024	1.5	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.698	1.5	697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.448	2	2734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.662	3	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.914	4.5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.837	3	4985
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.169	3	439
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.973	3	4251

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	346	-
R_work	0.249	6779	-
obs	-	7125	97.42 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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