PDB-2qec: Crystal structure of histone acetyltransferase HPA2 and related a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qec

タイトル

Crystal structure of histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferase (NP_600742.1) from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 at 1.90 A resolution

要素

Histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferases

キーワード

TRANSFERASE / NP_600742.1 / histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散,

分子置換 /

多波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferase (NP_600742.1) from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qec.cif.gz	52.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qec.ent.gz	39.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qec_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qec_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	2qec_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	2qec_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6clv-5 2ywr-2 3nmn-1 6gcd-d 4o7r-1 4o7v-1 4ike-d 4qbh-d 4o7t-1 1z83-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 373193

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferases

ヘテロ分子

22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferases

ヘテロ分子

A: Histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.070, 79.070, 181.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION

#1: タンパク質	Histone acetyltransferase HPA2 and related acetyltransferases / GCN5-related N-acetyltransferase 分子量: 22255.531 Da / 分子数: 1 / 変異: A29T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 生物種: Corynebacterium glutamicum / 株: DSM 20300, JCM 1318, LMG 3730, NCIMB 10025 / 遺伝子: NP_600742.1, Cgl1527, cg1722 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8NQB1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED ...1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE, FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. THE CONSTRUCT WAS ENGINEERED WITH THE FOLLOWING MUTATION: A29T.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	3.67	66.5	DATA FROM A SE-MET CONTAINING CRYSTAL IN SPACEGROUP P6(2)22 WAS USED FOR THE MAD PHASING EXPERIMENTS AT 2.30 ANGSTROM RESOLUTION. THIS MAD STRUCTURE WAS USED AS A MOLECULAR REPLACEMENT MODEL TO PHASE THIS STRUCTURE AT 1.90 ANGSTROM RESOLUTION IN THE P6(5)22 SPACEGROUP.
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	4.6	NANODROP, 8.0% PEG 4000, 0.1M Acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8.5	NANODROP, 0.2M Li2SO4, 40.0% PEG 400, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.91162
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	2	0.97917, 0.91837, 0.97886

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2007年1月18日	Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2007年1月7日	Flat mirror (vertical focusing)

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97917	1
3	0.91837	1
4	0.97886	1

反射

解像度: 1.9→27.64 Å / Num. obs: 27197 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 17.62 % / B_iso Wilson estimate: 32.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.36

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	0.905	2	29060	1,2	99.3
1.97-2.05	0.624	2.8	29134	1,2	99
2.05-2.14	0.422	4	27573	1,2	99.3
2.14-2.25	0.411	5.9	47227	1,2	99.5
2.25-2.39	0.333	8.3	57039	1,2	99.4
2.39-2.58	0.226	11.7	59495	1,2	99.6
2.58-2.84	0.144	17.3	57836	1,2	99.8
2.84-3.25	0.086	27.1	57913	1,2	99.8
3.25-4.08	0.051	42	56376	1,2	99.9
4.08-27.64	0.036	51.7	57459	1,2	99.5

-
位相決定

位相決定

手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
Blu-Ice	v 5.0	データ収集
XDS		データ削減
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

分子置換 / 解像度: 1.9→27.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.388 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1363	5 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
all	0.195	-	-	-
obs	0.195	27120	99.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.353 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.77 Å²	0.89 Å²	0 Å²
2-	-	1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1375	0	36	151	1562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.609	1.975	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.095	3	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.529	5	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.366	23.158	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.391	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.97	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.037	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.37	3	942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.603	3	363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.613	5	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.4	8	601
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.142	11	503

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	87	-
R_work	0.285	1843	-
obs	-	1930	99.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5341	-0.1742	1.0368	0.5747	0.6867	3.9742	0.0749	-0.0492	0.0814	-0.2093	-0.246	0.2036	-0.1457	-0.3169	0.1711	-0.0148	0.0085	-0.0784	-0.2175	-0.0622	-0.1478	14.851	26.013	4.503
2	0.6385	0.4625	-0.0444	4.1358	1.7665	1.7819	0.032	0.1007	-0.0192	-0.3209	-0.0852	-0.0303	-0.2008	-0.1311	0.0532	0.0135	-0.0208	-0.0382	-0.2329	0.0157	-0.1767	21.754	11.245	0.638
3	20.1585	20.5462	7.4903	49.7283	24.3809	49.3682	-0.0307	-0.9469	-0.8857	2.894	-0.8503	1.7972	1.8854	-2.7126	0.881	0.6811	0.0576	-0.0052	0.8726	-0.093	0.7619	-1.616	22.764	2.037

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 82	2 - 83
2	2	117 - 203	118 - 204
3	3	95 - 106	96 - 107

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関連情報:EMDBヘッダ

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