[日本語] English
万見
- PDB-2qdq: Crystal structure of the talin dimerisation domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qdq
タイトルCrystal structure of the talin dimerisation domain
要素Talin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Talin / dimerisation domain / C-terminal actin binding site / ABS3 / LATCH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding ...GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / phosphatidylserine binding / ruffle / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / ruffle membrane / actin filament binding / integrin binding / cytoskeleton / cell adhesion / focal adhesion / cell surface / cytosol
類似検索 - 分子機能
Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain ...Talin VBS2 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gingras, A.R. / Putz, N.S.M. / Bate, N. / Barsukov, I.L. / Critchley, D.R.C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: The structure of the C-terminal actin-binding domain of talin.
著者: Gingras, A.R. / Bate, N. / Goult, B.T. / Hazelwood, L. / Canestrelli, I. / Grossmann, J.G. / Liu, H. / Putz, N.S. / Roberts, G.C. / Volkmann, N. / Hanein, D. / Barsukov, I.L. / Critchley, D.R.
履歴
登録2007年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_diffrn_reflns_shell / reflns_shell
Item: _pdbx_diffrn_reflns_shell.percent_possible_obs / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Talin-1
B: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6952
ポリマ－11,6952
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.820, 98.820, 98.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
詳細The biological assembly is a dimer

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Talin-1


分子量: 5847.726 Da / 分子数: 2 / 断片: Reidues 2494-2541, dimerization domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / プラスミド: pET151 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26039
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM Citrate buffer (pH 4.2), 11% (w/v) PEG 3000, 200 mM Sodium Chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-111.07225
シンクロトロンESRF ID14-320.931
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年11月6日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年9月23日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.072251
20.9311
ReflectionAv σ(I) over netI: 32.15 / 数: 157577 / Rmerge(I) obs: 0.047 / D res high: 2.3 Å / Num. obs: 13705 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
4.863010010.028
3.984.8610010.027
3.453.9899.210.032
3.093.4599.710.056
2.823.0910010.099
2.612.8210010.186
2.442.6199.610.288
2.32.4499.910.443
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 8844 / Num. obs: 8844 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 39.9 % / Biso Wilson estimate: 50.658 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 51.71
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 41.7 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. measured obs: 57339 / Num. unique all: 1373 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.7650.2410.030.123
2Se50.9710.7760.4770.0610.084

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 3.935 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 442 5 %RANDOM
Rwork0.257 ---
all0.257 8396 --
obs0.257 8396 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.298 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数548 0 0 25 573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0921.984719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.859565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.7722532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.02715130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.492158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2880.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3070.27
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 31 -
Rwork0.242 596 -
obs-596 100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る