PDB-2qdo: NblA protein from T. vulcanus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qdo

タイトル

NblA protein from T. vulcanus

要素

NblA protein

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Phycobilisome / nutrient starvation / bleaching

機能・相同性

Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA / Phycobilisome degradation protein NblA superfamily / Phycobilisome degradation protein nblA / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / NblA

機能・相同性情報

生物種

Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Dines, M. / Adir, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural, Functional, and Mutational Analysis of the NblA Protein Provides Insight into Possible Modes of Interaction with the Phycobilisome
著者: Dines, M. / Sendersky, E. / David, L. / Schwarz, R. / Adir, N.

履歴

登録	2007年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qdo.cif.gz	51.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qdo.ent.gz	38.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qdo_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qdo_full_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示
XML形式データ	2qdo_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	2qdo_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/2qdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q8vSC 3cs5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q8v-d 3cs5-1 1ojh-5 3cs5-2 1r7z-d 1ojh-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NblA protein

B: NblA protein

C: NblA protein

D: NblA protein

25.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: NblA protein

D: NblA protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: NblA protein

B: NblA protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.190, 42.390, 50.560
Angle α, β, γ (deg.)	69.00, 83.36, 61.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	NblA protein / Phycobilisome degradation protein 分子量: 6347.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 遺伝子: nbla / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LBW5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47 Å / Num. all: 9900 / Num. obs: 9900 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
CNS	1.1	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2Q8V

2q8v

解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	871	-	random
R_work	0.248	-	-	-
all	-	9878	-	-
obs	-	8366	84.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.9 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.44 Å	0.65 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.3 Å	0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1697	0	0	18	1715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.61
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0086
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	20.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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