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万見
- PDB-2qdi: Drosophila OBP LUSH D118A mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qdi
タイトルDrosophila OBP LUSH D118A mutation
要素General odorant-binding protein lush
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Odorant binding protein / OBP / pheromone binding protein / PBP
機能・相同性
機能・相同性情報


diphenyl phthalate binding / dibutyl phthalate binding / response to pheromone / courtship behavior / pheromone binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / General odorant-binding protein lush
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Laughlin, J.D. / Jones, D.N.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Activation of pheromone-sensitive neurons is mediated by conformational activation of pheromone-binding protein.
著者: Laughlin, J.D. / Ha, T.S. / Jones, D.N. / Smith, D.P.
履歴
登録2007年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General odorant-binding protein lush
B: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6434
ポリマ－28,3432
非ポリマー3002
水1,24369
1
A: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3222
ポリマ－14,1711
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: General odorant-binding protein lush
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3222
ポリマ－14,1711
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.805, 46.805, 109.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 General odorant-binding protein lush


分子量: 14171.498 Da / 分子数: 2 / 変異: D118A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded protein
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: lush, Obp76a, Obp76c / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O02372
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Diffraction-quality crystals grown from microcrystals fed protein, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.62 Å / Num. obs: 15955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.87 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10.9 / Scaling rejects: 588
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.78 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. measured all: 7687 / Num. unique all: 1600 / Χ2: 1.09 / % possible all: 99.8

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.1 Å
Translation2.5 Å33.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.3Lデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WT-LUSH

解像度: 2→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 11.422 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1592 10 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.218 15940 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1975 0 20 69 2064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0381.9782743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4175250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.123.86488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12915379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2561514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41421306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20932028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3462830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9883715
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 109 -
Rwork0.261 1084 -
obs-1193 99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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