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- PDB-2qde: Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing fami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qde
タイトルCrystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing family protein from Azoarcus sp. EbN1
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
キーワードLYASE / psi-II / NYSGXRC / 9379a / enolase / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Muconate cycloisomerase (anti) / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain ...Muconate cycloisomerase (anti) / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Azoarcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein from Azoarcus sp. EbN1.
著者: Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2007年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,79116
ポリマ－344,6928
非ポリマー1,0998
水29,1661619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28070 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area92680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.063, 114.588, 146.229
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein


分子量: 43086.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus sp. (バクテリア) / 株: EbN1 / 遺伝子: AZOSEA32060, AZOSEA32140, ebA5637, ebA5652 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon + / 参照: UniProt: Q5P025
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes pH 7.0, 20% PEG 10000, 1.5mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: si-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 285427 / Num. obs: 285427 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→46.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 59452.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. The metal ion was modeled as barium since (a) the residual density was high and (b) the crystallization condition contained a barium salt. 2. Residues listed as missing in Remark 465 are ...詳細: 1. The metal ion was modeled as barium since (a) the residual density was high and (b) the crystallization condition contained a barium salt. 2. Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. 3. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and modeled as alanines.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 8163 3 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 276229 95.6 %-
all-285427 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.8968 Å2 / ksol: 0.356109 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å20.81 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----1.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22824 0 8 1619 24451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.442.5
LS精密化 シェル解像度: 1.93→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 1210 3 %
Rwork0.26 39219 -
obs--84.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.parambarium.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4barium.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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