PDB-4h1z: Crystal structure of putative isomerase from Sinorhizobium melilo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h1z

タイトル

Crystal structure of putative isomerase from Sinorhizobium meliloti, open loop conformation (target EFI-502104)

要素

Enolase Q92Zs5

キーワード

ISOMERASE / dehydratase / magnesium binding site / Enzyme Function Initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid catabolic process / lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.012 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Enolase Q92Zs5 (Target EFI-502104) from Sinorhizobium meliloti
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2012年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h1z.cif.gz	610.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h1z.ent.gz	498.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h1z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4h1z_validation.pdf.gz	532.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h1z_full_validation.pdf.gz	576.3 KB	表示
XML形式データ	4h1z_validation.xml.gz	121.7 KB	表示
CIF形式データ	4h1z_validation.cif.gz	171.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h1z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ppgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ppg-1 2qde-d 2p3z-1 2i5q-2 3cxo-2 3d47-d 4jhm-d 3d46-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-502104

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Enolase Q92Zs5

B: Enolase Q92Zs5

C: Enolase Q92Zs5

D: Enolase Q92Zs5

E: Enolase Q92Zs5

F: Enolase Q92Zs5

G: Enolase Q92Zs5

H: Enolase Q92Zs5

ヘテロ分子

362 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.723, 121.702, 137.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.25824, 0.835175, -0.485587), (-0.080054, 0.519406, 0.850769), (0.962758, -0.18083, 0.20099)	-16.13656, 17.93145, -8.51921

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Enolase Q92Zs5 分子量: 45197.633 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: RA0374, SMa0708 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92ZS5, 合成酵素

-
非ポリマー , 5種, 1512分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 0.2 M magnesium formate, pH 5.9, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月7日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.012→50 Å / Num. obs: 220797 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.241 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.012→2.03 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PPG

2ppg

解像度: 2.012→45.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.008 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22851	6577	3 %	RANDOM
R_work	0.17184	-	-	-
obs	0.17356	210872	98.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.784 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.58 Å²	-0 Å²	-1.25 Å²
2-	-	-0.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.012→45.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23241	0	40	1491	24772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	23828
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.155	1.954	32326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.371	5	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.009	22.519	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.389	15	3845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.356	15	225
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	3599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	18186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	544	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.6	0.13
1	1	529	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.91	0.13
1	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.52	0.13
1	1	537	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.94	0.13
1	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.32	0.13
1	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.32	0.13
1	1	530	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.32	0.13
1	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.51	0.13
1	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.28	0.13
1	1	541	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.35	0.13
1	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	9.44	1.32
2	1	530	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.53	0.13
2	1	539	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.48	0.13
2	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.32	0.13
2	1	530	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.5	0.13
2	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.43	0.13
2	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.3	0.13
2	1	533	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.55	0.13
2	1	533	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.29	0.13
2	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT POSITIONAL	0.45	0.13
2	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.79	1.32
3	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.39	1.32
4	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	9.06	1.32
5	1	530	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	8.13	1.32
6	1	536	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	10.35	1.32
7	1	536	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.69	1.32
8	1	539	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	8.33	1.32
9	1	541	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.08	1.32
10	1	544	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.95	1.32
11	1	529	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.56	1.32
12	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	5.4	1.32
13	1	537	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	9.36	1.32
14	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.99	1.32
15	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.99	1.32
16	1	530	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.01	1.32
17	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	8.79	1.32
18	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.27	1.32
19	1	541	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.83	1.32
20	1	530	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.45	1.32
21	1	539	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.38	1.32
22	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.7	1.32
23	1	530	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.01	1.32
24	1	540	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.4	1.32
25	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	8.55	1.32
26	1	533	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	6.1	1.32
27	1	533	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	7.34	1.32
28	1	538	X-RAY DIFFRACTION	TIGHT THERMAL	9.57	1.32

LS精密化シェル

解像度: 2.012→2.064 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	420	-
R_work	0.322	14160	-
obs	-	-	89.54 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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