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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qd1 | ||||||
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タイトル | 2.2 Angstrom Structure of the human ferrochelatase variant E343K with substrate bound | ||||||
![]() | Ferrochelatase | ||||||
![]() | LYASE / Ferrochelatase / heme biosynthesis / protopophyrin IX | ||||||
機能・相同性 | ![]() protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by heme / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / response to insecticide / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process ...protoporphyrinogen IX metabolic process / regulation of hemoglobin biosynthetic process / regulation of eIF2 alpha phosphorylation by heme / detection of UV / iron-responsive element binding / response to platinum ion / protoporphyrin ferrochelatase / response to insecticide / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / ferrochelatase activity / heme A biosynthetic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / response to methylmercury / response to arsenic-containing substance / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / response to light stimulus / Mitochondrial protein degradation / cholesterol metabolic process / cellular response to dexamethasone stimulus / erythrocyte differentiation / generation of precursor metabolites and energy / response to lead ion / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / heme binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Medlock, A.E. / Dailey, T.A. / Ross, T.A. / Dailey, H.A. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A pi-Helix Switch Selective for Porphyrin Deprotonation and Product Release in Human Ferrochelatase. 著者: Medlock, A.E. / Dailey, T.A. / Ross, T.A. / Dailey, H.A. / Lanzilotta, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 308.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 260.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 41178.453 Da / 分子数: 4 / 変異: E343K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 699分子 ![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/PP9.gif)
![](data/chem/img/CHD.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PP9.gif)
![](data/chem/img/CHD.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FES / #3: 化合物 | ChemComp-PP9 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M ammonium acetate, 0.05M Bis-Tris, pH 6.5 and 40% (v/v) pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月22日 |
放射 | モノクロメーター: 1.0 angstroms / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 86145 / Num. obs: 82197 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 15098 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 88 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.7099 Å2 / ksol: 0.396886 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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