PDB-2qcz: Structure of N-terminal domain of E. Coli YaeT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qcz

タイトル

Structure of N-terminal domain of E. Coli YaeT

要素

Outer membrane protein assembly factor yaeT

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / POTRA domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / protein insertion into membrane / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kim, S. / Malinverni, J.C. / Sliz, P. / Silhavy, T.J. / Harrison, S.C. / Kahne, D.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure and function of an essential component of the outer membrane protein assembly machine.
著者: Kim, S. / Malinverni, J.C. / Sliz, P. / Silhavy, T.J. / Harrison, S.C. / Kahne, D.

履歴

登録	2007年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qcz.cif.gz	129.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qcz.ent.gz	101.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qcz_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qcz_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	2qcz_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	2qcz_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qdfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qdf-d 5d13-d 1i1g-d 6bo3-d 5ijd-2 1r1c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer membrane protein assembly factor yaeT

B: Outer membrane protein assembly factor yaeT

74.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer membrane protein assembly factor yaeT

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Outer membrane protein assembly factor yaeT

登録者が定義した集合体
37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.721, 94.048, 109.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor yaeT / Omp85 分子量: 37455.168 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: yaeT / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A940

#1: タンパク質

Outer membrane protein assembly factor yaeT / Omp85

分子量: 37455.168 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: yaeT / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A940

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 10% PEG 10K, 100mM sodium acetate, 100 mM magnesium formate, 10%glycerol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.97933, 0.97944, 0.97856
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97933

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月22日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	MAD	M	x-ray	1
2	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97933	1
2	0.97944	1
3	0.97856	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
9.1	1	7.2	139228	0.103	1.03	3	15245	99.2
9.4	2	8.1	129706	0.093	1.12	3.1	13832	99.3
9.2	3	6.9	127792	0.106	0.97	3.1	13899	99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.46	50	97.5	1	0.054	1.433	9.2
5.13	6.46	98.7	1	0.085	1.275	9.2
4.48	5.13	98.9	1	0.077	1.138	9.3
4.07	4.48	99.5	1	0.092	1.225	9.5
3.78	4.07	99.7	1	0.121	1.087	9.6
3.56	3.78	99.7	1	0.157	0.938	9.6
3.38	3.56	99.8	1	0.212	0.851	9.6
3.23	3.38	99.9	1	0.309	0.798	9.5
3.11	3.23	99.9	1	0.451	0.744	8.8
3	3.11	98.4	1	0.602	0.698	7.1
6.67	50	97.2	2	0.044	1.1	9.1
5.3	6.67	98.8	2	0.081	1.276	9.2
4.63	5.3	98.9	2	0.071	1.185	9.2
4.21	4.63	99.3	2	0.084	1.284	9.4
3.91	4.21	99.6	2	0.104	1.322	9.6
3.68	3.91	99.7	2	0.135	1.141	9.6
3.49	3.68	99.7	2	0.173	1.038	9.6
3.34	3.49	99.9	2	0.242	0.972	9.6
3.21	3.34	99.9	2	0.351	0.932	9.5
3.1	3.21	99.7	2	0.49	0.879	8.8
6.67	50	97.2	3	0.039	0.791	9.1
5.3	6.67	98.7	3	0.08	1.003	9.2
4.63	5.3	98.8	3	0.074	0.998	9.3
4.21	4.63	99.3	3	0.094	1.115	9.4
3.91	4.21	99.6	3	0.119	1.144	9.5
3.68	3.91	99.8	3	0.164	1.009	9.6
3.49	3.68	99.7	3	0.216	0.945	9.6
3.34	3.49	99.9	3	0.309	0.906	9.5
3.21	3.34	99.9	3	0.441	0.883	9
3.1	3.21	99.7	3	0.591	0.843	7.6

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 20509 / Num. obs: 20418 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 32.7

反射シェル

解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 2.84 / Num. unique all: 1960 / % possible all: 97.3

-
位相決定

Phasing dm

FOM : 0.55 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.56 / 反射: 20363 / Reflection acentric: 17823 / Reflection centric: 2540

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.7-47.212	0.94	0.96	0.88	946	663	283
4.8-7.7	0.87	0.9	0.74	2800	2308	492
3.9-4.8	0.84	0.85	0.72	3457	2989	468
3.4-3.9	0.68	0.7	0.59	3427	3047	380
2.9-3.4	0.37	0.37	0.33	6100	5490	610
2.7-2.9	0.13	0.13	0.14	3633	3326	307

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE	2.1	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→50 Å / FOM work R set: 0.706 / 交差検証法: free R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.329	989	4.8 %	RANDOM
R_work	0.263	-	-	-
all	0.308	20616	-	-
obs	-	20363	98.8 %	-

溶媒の処理

B_sol: 33.334 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.634 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-21.686 Å²	0 Å²
3-	-	-	21.052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4834	0	0	0	4834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.384	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.952	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.398	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.098	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.7-2.75	0.508	39	0.477	832	871
2.75-2.8	0.462	56	0.432	994	1050
2.8-2.86	0.429	58	0.389	995	1053
2.86-2.92	0.531	57	0.373	1000	1057
2.92-2.99	0.365	38	0.376	1018	1056
2.99-3.06	0.422	51	0.349	1034	1085
3.06-3.15	0.476	58	0.345	1014	1072
3.15-3.24	0.416	49	0.34	1017	1066
3.24-3.34	0.327	39	0.282	1038	1077
3.34-3.46	0.368	60	0.284	1012	1072
3.46-3.6	0.346	42	0.271	1035	1077
3.6-3.77	0.383	58	0.28	1013	1071
3.77-3.96	0.358	45	0.24	1045	1090
3.96-4.21	0.274	42	0.223	1040	1082
4.21-4.54	0.24	57	0.209	1026	1083
4.54-4.99	0.274	56	0.21	1050	1106
4.99-5.72	0.296	63	0.246	1033	1096
5.72-7.2	0.266	67	0.243	1069	1136
7.2-50	0.314	54	0.235	1109	1163

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:protein_rep.param

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