PDB-2qco: Crystal structure of the transcriptional regulator CmeR from Camp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qco

タイトル

Crystal structure of the transcriptional regulator CmeR from Campylobacter jejuni

要素

CmeR

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional regulator protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Gu, R. / Su, C. / Shi, F. / Li, M. / McDermott, G. / Zhang, Q. / Yu, E.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the transcriptional regulator CmeR from Campylobacter jejuni.
著者: Gu, R. / Su, C.C. / Shi, F. / Li, M. / McDermott, G. / Zhang, Q. / Yu, E.W.

履歴

登録	2007年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qco.cif.gz	51.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qco.ent.gz	38.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qco_validation.pdf.gz	412.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qco_full_validation.pdf.gz	412.8 KB	表示
XML形式データ	2qco_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	2qco_validation.cif.gz	8.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/2qco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hgy-1 3lhq-d 1l8w-6 2zoz-d 6g8h-2 3k50-d 1pw4-d 3c07-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CmeR

ヘテロ分子

24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CmeR

ヘテロ分子

A: CmeR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.125, 37.587, 57.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x,-y,z.

#1: タンパク質	CmeR 分子量: 24262.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: cmeR / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q7B8P6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.98 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月23日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 10172 / Num. obs: 10132 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3.9 / Observed criterion σ(I): 3.9 / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / R_sym value: 0.262 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SnB	位相決定
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.25→50 Å / σ(F): 3.9 / σ(I): 3.9 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	506	-	random
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.23	10132	99.6 %	-
all	-	10172	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1649	0	6	31	1686

拘束条件

タイプ: c_angle_d / Dev ideal: 0.8

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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