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万見
- PDB-2qa9: Crystal structure of the second tetrahedral intermediates of SGPB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qa9
タイトルCrystal structure of the second tetrahedral intermediates of SGPB at pH 4.2
要素
  • 4-mer peptide DAIY
  • Streptogrisin-B
キーワードHYDROLASE / CHYMOTRYPSIN-TYPE SERINE PEPTIDASE / SECOND TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / TETRAPEPTIDE / BETA BARRELS / ALPHA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


streptogrisin B / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Lee, T.W. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: 1.2A-resolution crystal structures reveal the second tetrahedral intermediates of streptogrisin B (SGPB).
著者: Lee, T.W. / James, M.N.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Streptogrisin-B
I: 4-mer peptide DAIY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,73711
ポリマ－19,1342
非ポリマー6039
水4,972276
1
E: Streptogrisin-B
I: 4-mer peptide DAIY
ヘテロ分子

E: Streptogrisin-B
I: 4-mer peptide DAIY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,47422
ポリマ－38,2674
非ポリマー1,20718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area13960 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.461, 107.470, 36.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-421-

SO4

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 EI

#1: タンパク質 Streptogrisin-B / Serine protease B / SGPB / Pronase enzyme B


分子量: 18653.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00777, streptogrisin B
#2: タンパク質・ペプチド 4-mer peptide DAIY


分子量: 480.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AUTO-PROTEOLYTIC PRODUCT
由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00777*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 285分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細AUTHOR'S STATEMENT: BASED ON THE ELECTRON DENSITY MAP, 1/3 OF CONFORMER A OF RESIDUE MET180 OF ...AUTHOR'S STATEMENT: BASED ON THE ELECTRON DENSITY MAP, 1/3 OF CONFORMER A OF RESIDUE MET180 OF CHAIN E MIGHT HAVE BEEN OXIDIZED TO BECOME METHIONINE SULFOXIDE (SME). THE RESIDUE TYPE OF E-180 IS SET AT MET TO REFLECT THE DOMINANT FORM OF THE RESIDUE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10 mg/mL SGPB in 10 mM MgCl2 0.7 M KH2PO4 pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→20 Å / Num. obs: 56646 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.18→1.22 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5212 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SGR

1sgr


解像度: 1.18→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.239 / SU ML: 0.026 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18204 2869 5.1 %RANDOM
Rwork0.1454 ---
obs0.14727 53726 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1343 0 34 276 1653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0211446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.02918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4671.9471966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7653.0042240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.3685189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.16322.8353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.37415187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.659159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.2789
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3390.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3070.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9731.51139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5431.5403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.42321507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5633599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2674.5457
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.51232869
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.0073292
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.84632342
LS精密化 シェル解像度: 1.18→1.211 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 176 -
Rwork0.207 3583 -
obs--89.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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