PDB-2q94: E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A04

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q94

タイトル

E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A04

要素

Methionine aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / aminopeptidase / dinuclear / Mn(II)-form / enzyme-inhibitor complex / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / ferrous iron binding / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Ye, Q.-Z.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of inhibition of E. coli methionine aminopeptidase: implication of loop flexibility in selective inhibition of bacterial enzymes.
著者: Ma, Z.Q. / Xie, S.X. / Huang, Q.Q. / Nan, F.J. / Hurley, T.D. / Ye, Q.Z.

履歴

登録	2007年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q94.cif.gz	71.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q94.ent.gz	50.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/2q94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/2q94	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q92C 2q93C 2q95C 2q96C 1xnzS 2evc 2evm 2gtx S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z7m-1 4juq-3 2evm-d 2p98-d 3d27-d 1c23-d 2p99-d 1c22-d 4a6v-2 1c24-d 2gu4-2 1c27-d 2pl3-d 2gu6-1 2gu6-2 1xnz-d 4z7m-2 3mat-d 4pnc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methionine aminopeptidase

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.199, 60.605, 50.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methionine aminopeptidase / MAP / Peptidase M 分子量: 29110.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: map / プラスミド: pGEMEX-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE18, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-A04 / 5-[2-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]-2-FUROIC ACID 分子量: 272.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₇F₃O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.63→19.913 Å / Num. obs: 27719 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.63-1.72	3.5	0.363	2	13929	3958	0.363	98
1.72-1.82	3.6	0.222	3.3	13515	3800	0.222	98.2
1.82-1.95	3.6	0.138	5.3	12747	3560	0.138	99.4
1.95-2.1	3.6	0.084	8.7	12112	3364	0.084	99.6
2.1-2.31	3.6	0.062	11.6	11202	3082	0.062	99.8
2.31-2.58	3.7	0.048	15	10285	2809	0.048	100
2.58-2.98	3.7	0.039	17.9	9209	2489	0.039	100
2.98-3.64	3.7	0.029	22.4	7844	2104	0.029	100
3.64-5.15	3.7	0.025	25.6	6153	1648	0.025	100
5.15-19.91	3.5	0.034	15.3	3165	905	0.034	98.2

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.33 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.713

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	19.91 Å
Translation	3 Å	19.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XNZ

1xnz

解像度: 1.63→19.91 Å / FOM work R set: 0.856 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	2758	9.9 %
R_work	0.213	-	-
obs	-	27701	99.2 %

溶媒の処理

B_sol: 33.693 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.589 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.357 Å²	0 Å²	-0.558 Å²
2-	-	-1.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.763 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2035	0	22	194	2251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.322
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.165	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.873	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.67	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.714	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
1.63-1.64	0.566	49	0.52	493	542
1.64-1.65	0.453	45	0.463	479	524
1.65-1.66	0.428	59	0.431	492	551
1.66-1.68	0.494	60	0.438	481	541
1.68-1.69	0.4	52	0.404	487	539
1.69-1.7	0.362	48	0.378	493	541
1.7-1.71	0.434	60	0.368	489	549
1.71-1.73	0.31	58	0.353	503	561
1.73-1.74	0.339	50	0.311	484	534
1.74-1.76	0.303	55	0.275	488	543
1.76-1.77	0.319	53	0.275	495	548
1.77-1.79	0.308	39	0.26	507	546
1.79-1.8	0.258	46	0.258	498	544
1.8-1.82	0.245	63	0.235	496	559
1.82-1.84	0.307	53	0.248	492	545
1.84-1.85	0.243	49	0.242	486	535
1.85-1.87	0.27	62	0.237	491	553
1.87-1.89	0.295	54	0.225	500	554
1.89-1.91	0.317	67	0.22	485	552
1.91-1.93	0.252	54	0.214	509	563
1.93-1.95	0.319	46	0.218	497	543
1.95-1.98	0.217	67	0.202	470	537
1.98-2	0.287	64	0.238	509	573
2-2.03	0.212	43	0.202	514	557
2.03-2.05	0.226	42	0.205	493	535
2.05-2.08	0.288	65	0.226	497	562
2.08-2.11	0.23	51	0.215	520	571
2.11-2.14	0.276	55	0.223	476	531
2.14-2.18	0.266	55	0.221	501	556
2.18-2.21	0.238	62	0.21	508	570
2.21-2.25	0.233	51	0.208	492	543
2.25-2.29	0.256	48	0.216	515	563
2.29-2.33	0.236	62	0.214	499	561
2.33-2.38	0.193	54	0.2	515	569
2.38-2.43	0.185	49	0.205	491	540
2.43-2.49	0.241	68	0.212	488	556
2.49-2.55	0.213	50	0.203	535	585
2.55-2.62	0.225	57	0.204	484	541
2.62-2.7	0.246	48	0.2	510	558
2.7-2.79	0.28	68	0.22	493	561
2.79-2.88	0.27	50	0.224	512	562
2.88-3	0.245	55	0.211	509	564
3-3.14	0.224	54	0.212	505	559
3.14-3.3	0.227	55	0.203	505	560
3.3-3.51	0.243	60	0.2	505	565
3.51-3.78	0.174	55	0.178	514	569
3.78-4.15	0.189	68	0.172	491	559
4.15-4.75	0.184	59	0.154	513	572
4.75-5.95	0.192	55	0.186	513	568
5.95-20	0.195	66	0.176	521	587

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein_1.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	YE3.param	YE3.top

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)