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- PDB-2q8u: CRYSTAL STRUCTURE OF MRE11 FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 (TM1635)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MRE11 FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 (TM1635) AT 2.20 A RESOLUTION
要素Exonuclease, putative
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA double-strand break repair nuclease / Nuclease SbcCD subunit D / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich ...DNA double-strand break repair nuclease / Nuclease SbcCD subunit D / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the first eubacterial Mre11 nuclease reveals novel features that may discriminate substrates during DNA repair.
著者: Das, D. / Moiani, D. / Axelrod, H.L. / Miller, M.D. / McMullan, D. / Jin, K.K. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Burra, P. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / ...著者: Das, D. / Moiani, D. / Axelrod, H.L. / Miller, M.D. / McMullan, D. / Jin, K.K. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Burra, P. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Ernst, D. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Grzechnik, A. / Grzechnik, S.K. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Krishna, S.S. / Kumar, A. / Marciano, D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Paulsen, J. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Sefcovic, N. / Tien, H.J. / Trame, C.B. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Tainer, J.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2007年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THIS CONSTRUCT IS COMPRISED OF AMINO ACIDS 1-324 OF THE FULL-LENGTH PROTEIN (1-385) AND ... SEQUENCE THIS CONSTRUCT IS COMPRISED OF AMINO ACIDS 1-324 OF THE FULL-LENGTH PROTEIN (1-385) AND WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH. DNA SEQUENCING INDICATES THAT RESIDUE 1 IS VALINE (NOT MET) IN THE CLONED CONSTRUCT. THE SEQUENCING RESULTS ARE CONSISTENT WITH THE ELECTRON DENSITY AND MASS SPECTROMETRY RESULTS FOR THE EXPRESSED PROTEIN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exonuclease, putative
B: Exonuclease, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7132
ポリマ－77,7132
非ポリマー00
水2,864159
1
A: Exonuclease, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8571
ポリマ－38,8571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Exonuclease, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8571
ポリマ－38,8571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.598, 113.414, 80.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B
171A
181B
191A
201B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA4 - 716 - 19
21LEULEUBB719
32LYSILEAA8 - 920 - 21
42LYSILEBB8 - 920 - 21
53LEUSERAA10 - 11022 - 122
63LEUSERBB10 - 11022 - 122
74SERASPAA111 - 112123 - 124
84SERASPBB111 - 112123 - 124
95ILESERAA113 - 118125 - 130
105ILESERBB113 - 118125 - 130
116PHEGLUAA119 - 120131 - 132
126PHEGLUBB119 - 120131 - 132
137PROASPAA121 - 245133 - 257
147PROASPBB121 - 245133 - 257
158GLULYSAA246 - 247258 - 259
168GLULYSBB246 - 247258 - 259
179GLYGLUAA248 - 263260 - 275
189GLYGLUBB248 - 263260 - 275
1910ARGGLUAA264 - 324276 - 336
2010ARGGLUBB264 - 324276 - 336
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Exonuclease, putative


分子量: 38856.582 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8, DSM 3109, JCM 10099 / 遺伝子: TM_1635 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9X1X0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.7555.29TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE SOLUTION OF THIS STRUCTURE. A 2.4 ANGSTROM MAD DATA COLLECTED FROM ONE CRYSTAL WAS USED TO PHASE AND TRACE AN INITIAL MODEL. THE MODEL WAS THEN REFINED USING THE AMPLITUDES FROM A SECOND CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO AN ENHANCED RESOLUTION OF 2.2 ANGSTROM. THE 2.4 ANGSTROM MAD PHASES FROM THE FIRST CRYSTAL WERE USED AS PHASE RESTRAINTS DURING THE REFINEMENT.
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.57NANODROP, 10.3% PEG 6000, 0.1M MES pH 5.57, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.14NANODROP, 2.5% PEG 6000, 0.1M MES pH 5.14, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
22
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.98086
シンクロトロンSSRL BL11-120.91837, 0.97917, 0.97891
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980861
20.918371
30.979171
40.978911
反射解像度: 2.2→37.45 Å / Num. obs: 56132 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 43.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.262.50.5330.9798331320.53399.5
2.26-2.322.60.4241.7790730700.42499.4
2.32-2.392.60.3532.1758429660.35399.7
2.39-2.462.60.2862.5740028680.28699.4
2.46-2.542.60.2313.1724828040.23199.5
2.54-2.632.60.184692926950.1899.5
2.63-2.732.60.1514.6669225940.15199.4
2.73-2.842.60.1166.2654825390.11699.4
2.84-2.972.60.0858.2622924130.08599.4
2.97-3.112.60.06810.3596922910.06899.4
3.11-3.282.60.05312.3564921820.05399.4
3.28-3.482.60.04315537320740.04399.1
3.48-3.722.60.03714.8507019550.03799.1
3.72-4.022.60.03317.1472618050.03398.6
4.02-4.42.60.02621.9431816430.02698.2
4.4-4.922.60.02221.9392214890.02297.5
4.92-5.682.70.02317.8350613110.02396.3
5.68-6.962.70.02225.1290110840.02295.4
6.96-9.842.70.02224.222248220.02292.6
9.84-37.452.60.02326.211134230.02384.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 12.776 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.191
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. RESIDUES A93-A98, A141-A147, A188-A195, B95-B98, B141-B149, B187-B195, B311-B312 ARE DISORDERED AND ARE NOT MODELED. 5. THE STRUCTURE FACTOR AMPLITUDES USED IN THE FINAL REFINEMENT WERE FROM A NATIVE CRYSTAL. THE REFINEMENT OF THE COORDINATES WAS RESTRAINED WITH THE EXPERIMENTAL PHASES FROM A CRYSTAL OF THE SELENOMETHIONINE-SUBSTITUTED PROTEIN THAT WAS USED FOR INITIAL PHASE DETERMINATION BY MULTIPLE WAVELENGTH ANOMALOUS DISPERSION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2120 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 42148 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.12 Å20 Å20.5 Å2
2--2.73 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4778 0 0 159 4937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224978
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9776756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81738417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6735620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06923.423222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89815877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6271534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.025450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.3896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.33526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.52373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.52724
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.5350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1350.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0760.312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.03833120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.47731215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.28354950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.36182073
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.128111792
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3827 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.550.5
MEDIUM THERMAL2.22
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 156 -
Rwork0.272 2970 -
obs-3126 99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3086-0.53820.25462.129-0.89041.09920.0637-0.02430.124-0.1556-0.1071-0.01020.04570.08230.0434-0.1836-0.03190.0111-0.0852-0.0764-0.1126-17.3458-96.0634-0.9736
22.39360.48710.75691.72942.24215.53880.06650.14950.00550.0966-0.17780.08970.2534-0.6720.1113-0.1081-0.03810.012-0.07230.0449-0.0711-32.3899-100.468941.2857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 32416 - 336
2X-RAY DIFFRACTION2BB7 - 32419 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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