PDB-2q88: Crystal structure of EhuB in complex with ectoine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q88

タイトル

Crystal structure of EhuB in complex with ectoine

要素

Putative ABC transporter amino acid-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / substrate-binding protein / compatible solues / ABC-transporter / osmoprotection

機能・相同性

機能・相同性情報

ectoine binding / ectoine transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hanekop, N. / Hoeing, M. / Sohn-Bosser, L. / Jebbar, M. / Schmitt, L. / Bremer, E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the ligand-binding protein EhuB from Sinorhizobium meliloti reveals substrate recognition of the compatible solutes ectoine and hydroxyectoine.
著者: Hanekop, N. / Hoing, M. / Sohn-Bosser, L. / Jebbar, M. / Schmitt, L. / Bremer, E.

履歴

登録	2007年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q88.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q88.ent.gz	47.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q88_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q88_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	2q88_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	2q88_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q89C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vvd-1 3vve-1 1wdn-d 3vvd-2 4ec4-1 5tfb-d 6r85-2 3vv5-2 4kpt-1 3vvf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative ABC transporter amino acid-binding protein

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.365, 57.365, 161.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Putative ABC transporter amino acid-binding protein / EhuB 分子量: 27164.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92WC8
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-4CS / (4S)-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / ECTOINE / L-エクトイン分子量: 142.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: sodium acetate, PEG, CdCl2, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.05 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 21659 / % possible obs: 97.3 % / R_merge(I) obs: 0.118 / Χ²: 1.098 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.93	0.391	1089	1.007	1	98.6
1.93-1.97	0.325	1069	1.042	1	98.6
1.97-2.01	0.257	1054	1.082	1	98.2
2.01-2.05	0.214	1077	1.334	1	98.4
2.05-2.09	0.186	1045	1.233	1	98
2.09-2.14	0.173	1077	1.328	1	97.9
2.14-2.19	0.165	1054	1.353	1	97.5
2.19-2.25	0.149	1074	1.382	1	97.8
2.25-2.32	0.144	1066	1.441	1	97.2
2.32-2.39	0.11	1067	1.224	1	97.5
2.39-2.48	0.114	1061	1.38	1	97.6
2.48-2.58	0.114	1069	1.482	1	96.9
2.58-2.69	0.105	1056	1.635	1	96.2
2.69-2.84	0.1	1078	1.764	1	95.8
2.84-3.01	0.091	1056	1.635	1	94.7
3.01-3.25	0.082	1053	1.599	1	94.1
3.25-3.57	0.146	1065	1.003	1	94.3
3.57-4.08	0.148	1144	0.903	1	99.5
4.08-5.13	0.11	1162	0.914	1	99.3
5.13-20	0.086	1243	0.805	1	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 6.779 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	1113	5.2 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.229	21600	97.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.377 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1906	0	14	123	2043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.225	1.985	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.491	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.132	24.937	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.313	15	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.228	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.439	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.601	1.5	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.012	2	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.658	3	698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.825	4.5	595

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	82	-
R_work	0.264	1515	-
obs	-	1597	98.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7525	-0.3739	-0.011	0.4033	-0.0347	1.4589	0.0342	-0.0219	-0.0266	-0.0883	-0.0029	0.0131	-0.0404	0.0891	-0.0312	0.0034	-0.0114	0.0097	-0.0866	-0.0028	-0.0039	28.6429	32.9292	63.484
2	1.1332	-0.3767	-0.5967	1.1873	1.234	2.3367	0.0719	-0.0903	-0.0467	-0.0345	0.0136	0.0198	-0.0257	-0.0499	-0.0855	-0.0372	0.0143	0.009	-0.0559	0.0013	-0.0178	13.247	43.3647	81.7866

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 98	1 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	200 - 256	201 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	99 - 199	100 - 200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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