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- PDB-2q7y: Structure of the endogenous iNKT cell ligand iGb3 bound to mCD1d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7y
タイトルStructure of the endogenous iNKT cell ligand iGb3 bound to mCD1d
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1d1
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen presenting molecule / MHC fold / NKT cells
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of NK T cell differentiation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-2 production / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / late endosome / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / early endosome / lysosome / endosome membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IGC / PALMITIC ACID / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Wilson, I.A. / Teyton, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2008
タイトル: Crystal Structures of Mouse CD1d-iGb3 Complex and its Cognate Valpha14 T Cell Receptor Suggest a Model for Dual Recognition of Foreign and Self Glycolipids.
著者: Zajonc, D.M. / Savage, P.B. / Bendelac, A. / Wilson, I.A. / Teyton, L.
履歴
登録2007年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: T-cell surface glycoprotein CD1d1
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,34614
ポリマ-88,5864
非ポリマー4,76010
6,323351
1
A: T-cell surface glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0187
ポリマ-44,2932
非ポリマー2,7255
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint6.4 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
2
C: T-cell surface glycoprotein CD1d1
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3287
ポリマ-44,2932
非ポリマー2,0355
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-7.8 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.941, 96.224, 77.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biologically active unit is a heterodimer of mCD1d and beta2M

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1d1 / CD1.1 antigen


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pRMHa3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 cells / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pRMHa3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 cells / 参照: UniProt: P01887

-
, 3種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 355分子

#6: 化合物 ChemComp-IGC / N-[(1S,2R,3E)-1-({[ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYL-(1->3)-BETA-D-GALACTOPYRANOSYL-(1->4)-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-2-H YDROXYHEPTADEC-3-EN-1-YL]OCTANAMIDE / ISOGLOBOTRIHEXOSYLCERAMIDE


分子量: 912.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C44H81NO18
#7: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C16H32O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18% PEG 4000, 0.2 M ammonium citrate, 2% butanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月20日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 61120 / Num. obs: 59816 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 5934 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AKR
解像度: 1.95→27.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.582 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1219 2.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.2 59295 --
obs0.2 58076 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5950 0 288 351 6589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7081.9798736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9855728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00824.178292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.811151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0471530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.24218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9971.53801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47825954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30133097
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3774.52782
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 91 -
Rwork0.234 4244 -
obs-4335 97.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5640.18511.40951.10120.17983.81910.0086-0.0722-0.0177-0.0067-0.00510.13350.0678-0.2907-0.0035-0.1396-0.010.0371-0.12260.0248-0.1156-9.442911.64566.6486
24.72981.8625-0.15997.2504-1.07991.6851-0.04280.27320.507-0.3935-0.1214-0.5076-0.14010.28070.1643-0.0524-0.0365-0.0015-0.1040.0515-0.022921.972234.29759.9715
36.1950.22822.77292.1060.21733.51190.01940.1693-0.338-0.07370.0472-0.26080.02640.2799-0.0666-0.14120.01510.0393-0.11860.011-0.105519.765112.30729.1504
42.08980.09081.20020.77560.18623.70580.0061-0.0075-0.0388-0.00230.00470.13170.1383-0.1711-0.0108-0.1578-0.00420.0362-0.1490.0169-0.13448.854911.078743.3332
52.80851.09510.09734.9903-0.0231.4248-0.06780.22940.2257-0.4034-0.0179-0.5119-0.16050.21120.0858-0.0935-0.00780.0238-0.12910.0253-0.097939.704433.503449.6938
66.34250.05972.58741.36990.32973.30280.04440.2612-0.3399-0.0670.0452-0.18070.03390.2694-0.0895-0.13690.01150.0453-0.147-0.0086-0.154937.695211.716845.9326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1857 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1AF - G501 - 5151 - 5
3X-RAY DIFFRACTION1AK6011
4X-RAY DIFFRACTION1AM7011
5X-RAY DIFFRACTION2AA186 - 279186 - 279
6X-RAY DIFFRACTION3BB2 - 992 - 99
7X-RAY DIFFRACTION4CC7 - 1857 - 185
8X-RAY DIFFRACTION4CH - J500 - 5031 - 2
9X-RAY DIFFRACTION4CL6021
10X-RAY DIFFRACTION4CN7021
11X-RAY DIFFRACTION5CC186 - 279186 - 279
12X-RAY DIFFRACTION6DD2 - 992 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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