[日本語] English
万見
- PDB-2q7a: Crystal structure of the cell surface heme transfer protein Shp -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7a
タイトルCrystal structure of the cell surface heme transfer protein Shp
要素Cell surface heme-binding protein
キーワードheme binding protein / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cell surface protein Shp, haem-binding domain / Cell surface heme-binding protein Shp / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cell surface heme-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Aranda IV, R. / Worley, C.E. / Bitto, E. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Bis-methionyl coordination in the crystal structure of the heme-binding domain of the streptococcal cell surface protein Shp.
著者: Aranda IV, R. / Worley, C.E. / Liu, M. / Bitto, E. / Cates, M.S. / Olson, J.S. / Lei, B. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell surface heme-binding protein
B: Cell surface heme-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,53415
ポリマ－33,2392
非ポリマー3,29513
水5,819323
1
A: Cell surface heme-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2217
ポリマ－16,6201
非ポリマー1,6016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Cell surface heme-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3138
ポリマ－16,6201
非ポリマー1,6937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.317, 82.317, 106.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細there are two biological units of Shp180 in the asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質 Cell surface heme-binding protein


分子量: 16619.590 Da / 分子数: 2 / 断片: Shp180 / 変異: C37S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: shp / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06A48
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.8M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D10.9793
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.6531
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2007年4月16日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年3月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21.65311
反射解像度: 2.1→80 Å / Num. obs: 23738 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1496 / Χ2: 0.934 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→41.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.359 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1194 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.166 23696 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20.35 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 226 323 2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1642.1683605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67525.091110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94715402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3561510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.21774
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7181.51548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10222412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53131272
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2844.51183
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 102 -
Rwork0.221 1554 -
obs-1656 95.28 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る