PDB-2q6t: Crystal structure of the Thermus aquaticus DnaB monomer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q6t

タイトル

Crystal structure of the Thermus aquaticus DnaB monomer

要素

DnaB replication fork helicase

キーワード

HYDROLASE / Replication / helicase / DnaB

機能・相同性

機能・相同性情報

primosome complex / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus aquaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the Thermus aquaticus DnaB helicase monomer.
著者: Bailey, S. / Eliason, W.K. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2007年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q6t.cif.gz	312.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q6t.ent.gz	257.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q6t_validation.pdf.gz	476.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q6t_full_validation.pdf.gz	510.5 KB	表示
XML形式データ	2q6t_validation.xml.gz	55.6 KB	表示
CIF形式データ	2q6t_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	335 5ere-d 5cxv-d 4yay-d 1oe6-d 3au5-1 3uin-d 6luq-d 6d26-d 3pim-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: DnaB replication fork helicase

B: DnaB replication fork helicase

C: DnaB replication fork helicase

D: DnaB replication fork helicase

ヘテロ分子

196 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DnaB replication fork helicase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DnaB replication fork helicase

ヘテロ分子

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3

C: DnaB replication fork helicase

ヘテロ分子

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4

D: DnaB replication fork helicase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.707, 104.707, 363.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	DnaB replication fork helicase 分子量: 48800.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: dnab / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9Z693, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.3M Ammonium Sulfate, 10mM Magnesium Sulfate, 5% 1,6-hexanediol, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	1.1404
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97935, 0.97949, 0.96411

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2001年4月5日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1404	1
2	0.97935	1
3	0.97949	1
4	0.96411	1

反射

解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 51424 / Num. obs: 47366 / % possible obs: 99.17 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度: 2.9→2.974 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 44.604 / SU ML: 0.376 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28453	2638	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24085	-	-	-
obs	0.243	49121	99.17 %	-
all	-	51424	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 104.751 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.93 Å²	2.47 Å²	0 Å²
2-	-	4.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12701	0	20	25	12746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	12895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.139	1.988	17428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.081	5	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.307	23.591	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.655	15	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.379	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	5911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	8854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.142	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.742	1.5	8448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.224	2	13061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.932	3	4950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.361	4.5	4367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	211	-
R_work	0.367	3533	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5745	3.9959	-7.666	4.3162	-5.737	16.1201	-0.5078	0.6017	-0.2012	-0.6814	0.2388	-0.4736	0.479	0.2724	0.2689	-0.6627	-0.0691	0.0788	-0.2223	-0.0327	-0.3402	32.7585	33.167	294.9442
2	1.8762	0.6744	1.8566	4.2978	3.5431	8.8668	0.0502	0.4493	-0.7169	-0.2856	0.1417	-0.3096	1.542	0.2475	-0.1919	0.1389	0.0995	0.0379	-0.2648	-0.2115	0.0383	33.0553	-1.6049	327.9356
3	1.3513	-1.5612	-1.7707	2.8849	3.8464	9.4391	0.0282	-0.0928	-0.1587	-0.2262	0.0307	-0.0159	-0.2574	-0.0675	-0.0589	-0.5976	0.124	-0.0147	-0.3139	0.0202	-0.4939	33.1221	26.8611	362.5612
4	4.1697	1.6524	-2.567	6.5713	-5.576	11.0833	-0.09	-0.3857	-0.865	-0.0417	0.8341	1.0595	1.4408	-2.173	-0.7441	-0.3839	-0.3057	-0.0344	0.1668	0.2146	0.0563	8.5027	11.5663	326.6032
5	3.5291	-0.0087	-1.2104	2.2459	1.0017	5.4162	0.1588	-0.2929	0.4995	0.2612	0.0625	-0.1782	-1.0227	0.271	-0.2213	-0.382	0.0147	0.0634	-0.3452	0.044	-0.4603	20.85	51.1894	334.5708
6	4.3186	-1.5554	0.7836	5.5851	-1.0005	5.7233	0.1145	-0.1051	0.2132	0.3017	0.074	0.3267	-0.4196	0.3237	-0.1885	-0.6265	-0.1042	0.0532	-0.1179	0.1352	-0.3651	51.1839	47.7106	319.9231
7	4.3251	0.2197	-1.1579	4.614	-1.4481	10.8281	0.0688	-0.0943	0.219	-0.3033	-0.0562	-0.7827	0.2899	1.8829	-0.0125	-0.4201	0.1825	0.0695	0.2089	0.0741	-0.1404	73.8287	20.8182	333.892
8	5.2198	-1.9498	0.2555	6.0646	-0.6493	6.1491	0.2652	0.3425	0.4441	-0.6751	-0.3038	0.525	-0.7727	-1.0837	0.0386	-0.0202	0.4672	-0.0146	-0.0861	0.0411	-0.2828	-21.7335	69.7751	355.9964
9	6.2952	8.4599	-3.9496	11.7005	-4.5493	4.212	-0.0895	1.1176	0.5172	-0.7778	0.0792	0.5266	-0.484	-0.5161	0.0103	-0.394	0.0141	-0.077	0.0417	-0.0321	-0.1382	33.5564	45.2299	305.7347
10	12.3237	9.2171	-9.4176	6.8936	-7.0435	7.1968	-0.779	1.9431	0.1231	-1.1175	0.9721	-0.2775	1.1299	-2.6605	-0.1931	0.5437	-0.055	-0.0334	0.31	-0.0264	-0.4014	59.9257	17.7194	316.7934
11	10.0276	-0.5208	-1.9618	0.0313	-0.0336	4.6748	-0.0465	0.0058	-0.3594	-1.2433	-0.1823	1.0655	1.0058	-0.4421	0.2288	-0.0499	0.1736	-0.1519	0.0162	-0.0391	-0.2136	53.155	12.6331	355.8366
12	14.5136	-16.0469	-10.9088	17.7782	12.1039	8.2498	-1.1454	0.2677	-1.6122	1.8915	-0.2075	1.3601	0.6108	-1.216	1.3528	-0.3739	0.2154	0.0744	0.1874	0.0026	-0.39	1.3037	41.8798	329.7224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 146	5 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 146	2 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 146	4 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 146	4 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	185 - 440	185 - 440
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	185 - 440	185 - 440
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	185 - 440	185 - 440
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	185 - 440	185 - 440
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	147 - 172	147 - 172
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	147 - 173	147 - 173
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	147 - 170	147 - 170
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	147 - 174	147 - 174

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