PDB-2q6n: Structure of Cytochrome P450 2B4 with Bound 1-(4-cholorophenyl)im...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q6n

タイトル

Structure of Cytochrome P450 2B4 with Bound 1-(4-cholorophenyl)imidazole

要素

Cytochrome P450 2B4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / p450 / Monooxygenase / membrane protein / CYP 2B4 / CYP LM2

機能・相同性

機能・相同性情報

arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / unspecific monooxygenase / aromatase activity / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / Kumar, S. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and thermodynamic consequences of 1-(4-chlorophenyl)imidazole binding to cytochrome P450 2B4.
著者: Zhao, Y. / Sun, L. / Muralidhara, B.K. / Kumar, S. / White, M.A. / Stout, C.D. / Halpert, J.R.

履歴

登録	2007年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2q6n.ent.gz	494.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2q6n_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q6n_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	2q6n_validation.xml.gz	140.4 KB	表示
CIF形式データ	2q6n_validation.cif.gz	179.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q6n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1suoS 1po5 2bdm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r1a-4 5uda-2 5e58-3 3r1a-1 5iut-d 4h1n-d 3e6i-2 2fdy-2 3e6i-1 5ufg-d 3ua5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 2B4

B: Cytochrome P450 2B4

C: Cytochrome P450 2B4

D: Cytochrome P450 2B4

E: Cytochrome P450 2B4

F: Cytochrome P450 2B4

G: Cytochrome P450 2B4

ヘテロ分子

387 kDa, 7 ポリマー
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1

A: Cytochrome P450 2B4

ヘテロ分子

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2

B: Cytochrome P450 2B4

ヘテロ分子

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3

C: Cytochrome P450 2B4

ヘテロ分子

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4

D: Cytochrome P450 2B4

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5

E: Cytochrome P450 2B4

ヘテロ分子

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6

F: Cytochrome P450 2B4

ヘテロ分子

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7

G: Cytochrome P450 2B4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.000, 147.310, 238.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Each chain in the asymmetric unit is a biological unit

#1: タンパク質	Cytochrome P450 2B4 / CYPIIB4 / P450-LM2 / Isozyme 2 / P450 types B0 and B1 分子量: 54445.371 Da / 分子数: 7 変異: E2A, G22K, H23K, P24T, K25S, A26S, H27K, R29K, P221S, H226Y 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CYP2B4 / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P00178, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-1CI / 1-(4-CHLOROPHENYL)-1H-IMIDAZOLE / 1-(4-クロロフェニル)-1H-イミダゾ-ル分子量: 178.618 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇ClN₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% MPD, 10-12% PEG 6000, and 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→147.442 Å / Num. obs: 81299 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.11 / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3.2-3.28	4.1	0.831	0.9	24448	5966	0.831	100
3.28-3.37	4.1	0.629	1.2	23803	5828	0.629	100
3.37-3.47	4.1	0.517	1.5	23168	5678	0.517	100
3.47-3.58	4.1	0.394	1.9	22662	5538	0.394	100
3.58-3.7	4.1	0.286	2.6	21809	5361	0.286	99.9
3.7-3.82	4.1	0.231	3.2	20993	5162	0.231	99.9
3.82-3.97	4	0.197	3.8	20217	5015	0.197	99.9
3.97-4.13	4	0.158	4.7	19474	4825	0.158	99.7
4.13-4.31	4	0.133	5.4	18595	4608	0.133	99.5
4.31-4.53	4	0.114	6.2	17565	4400	0.114	99.3
4.53-4.77	4	0.101	6.9	16572	4180	0.101	99.3
4.77-5.06	4	0.096	6.9	15699	3972	0.096	99.2
5.06-5.41	3.9	0.096	6.9	14479	3734	0.096	99.1
5.41-5.84	3.9	0.101	6.8	13565	3492	0.101	98.7
5.84-6.4	3.8	0.098	6.8	12339	3223	0.098	99
6.4-7.16	3.6	0.09	7.1	10461	2872	0.09	98
7.16-8.26	3.5	0.073	8.3	8784	2544	0.073	96.8
8.26-10.12	3.7	0.059	10.1	8144	2191	0.059	98.1
10.12-14.31	3.8	0.052	12	6606	1736	0.052	98.6
14.31-147.44	3.4	0.045	13.9	3311	974	0.045	94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1SUO

1suo

解像度: 3.2→30 Å / FOM work R set: 0.732 / σ(F): 277

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	4058	5 %
R_work	0.233	-	-
obs	-	80849	98.8 %

溶媒の処理

B_sol: 66.988 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.396 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.669 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.881 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26138	0	385	0	26523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.142

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
3.2-3.22	0.389	76	0.349	1496	1572
3.22-3.24	0.364	98	0.341	1475	1573
3.24-3.27	0.376	88	0.353	1528	1616
3.27-3.29	0.385	87	0.343	1511	1598
3.29-3.31	0.437	72	0.339	1489	1561
3.31-3.34	0.354	77	0.339	1572	1649
3.34-3.36	0.371	85	0.32	1500	1585
3.36-3.39	0.357	73	0.308	1509	1582
3.39-3.42	0.379	71	0.33	1549	1620
3.42-3.45	0.444	80	0.336	1535	1615
3.45-3.48	0.415	78	0.316	1513	1591
3.48-3.51	0.35	92	0.295	1562	1654
3.51-3.54	0.316	88	0.285	1487	1575
3.54-3.57	0.327	79	0.281	1513	1592
3.57-3.6	0.368	75	0.287	1570	1645
3.6-3.64	0.319	81	0.282	1534	1615
3.64-3.67	0.377	95	0.288	1532	1627
3.67-3.71	0.344	83	0.275	1500	1583
3.71-3.75	0.346	74	0.279	1542	1616
3.75-3.79	0.315	88	0.286	1553	1641
3.79-3.84	0.348	61	0.24	1546	1607
3.84-3.88	0.349	83	0.264	1533	1616
3.88-3.93	0.354	91	0.279	1516	1607
3.93-3.98	0.321	66	0.256	1563	1629
3.98-4.03	0.347	90	0.257	1510	1600
4.03-4.09	0.342	71	0.259	1554	1625
4.09-4.14	0.315	78	0.25	1546	1624
4.14-4.21	0.324	84	0.222	1537	1621
4.21-4.27	0.323	89	0.229	1501	1590
4.27-4.34	0.301	70	0.202	1569	1639
4.34-4.42	0.325	67	0.225	1555	1622
4.42-4.5	0.361	91	0.214	1527	1618
4.5-4.58	0.357	84	0.224	1518	1602
4.58-4.67	0.312	76	0.21	1552	1628
4.67-4.78	0.276	89	0.205	1530	1619
4.78-4.89	0.319	83	0.219	1521	1604
4.89-5.01	0.255	72	0.196	1552	1624
5.01-5.14	0.24	78	0.189	1538	1616
5.14-5.29	0.333	88	0.213	1547	1635
5.29-5.46	0.261	74	0.194	1547	1621
5.46-5.66	0.348	91	0.234	1547	1638
5.66-5.88	0.346	84	0.24	1523	1607
5.88-6.15	0.369	76	0.258	1583	1659
6.15-6.47	0.331	81	0.239	1526	1607
6.47-6.87	0.357	86	0.239	1527	1613
6.87-7.39	0.295	86	0.189	1548	1634
7.39-8.12	0.28	77	0.179	1542	1619
8.12-9.27	0.187	95	0.15	1540	1635
9.27-11.56	0.258	82	0.166	1602	1684
11.56-30	0.267	75	0.253	1621	1696

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water.param
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param
X-RAY DIFFRACTION	4	ligand.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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