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万見
- PDB-2q5c: Crystal structure of NtrC family transcriptional regulator from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q5c
タイトルCrystal structure of NtrC family transcriptional regulator from Clostridium acetobutylicum
要素NtrC family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / structural genomics / NtrC family transcriptional regulator / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PrpR receptor domain-like / Signal transduction response regulator, propionate catabolism activator, N-terminal / Propionate catabolism activator / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain ...PrpR receptor domain-like / Signal transduction response regulator, propionate catabolism activator, N-terminal / Propionate catabolism activator / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / PAS fold / PAS fold / Response regulator / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NtrC family transcriptional regulator (PAS and AAA domains)
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Dickey, M. / Toro, R. / Iizuka, M. / Groshong, K. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of NtrC family transcriptional regulator from Clostridium acetobutylicum.
著者: Ramagopal, U.A. / Dickey, M. / Toro, R. / Iizuka, M. / Groshong, K. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NtrC family transcriptional regulator
D: NtrC family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,29017
ポリマ－43,8652
非ポリマー1,42515
水7,008389
1
A: NtrC family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5978
ポリマ－21,9321
非ポリマー6657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: NtrC family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6939
ポリマ－21,9321
非ポリマー7618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.950, 45.948, 58.284
Angle α, β, γ (deg.)72.94, 72.98, 82.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 NtrC family transcriptional regulator / PAS and AAA domains


分子量: 21932.260 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2-186 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
生物種: Clostridium acetobutylicum / 株: DSM 792, JCM 1419, LMG 5710, VKM B-1787 / 遺伝子: CA_C0459 / プラスミド: BS-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97LU5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 295 K / pH: 7.5
詳細: 100mM Sodium Hepes pH 7.5, 2% PEG 400, 2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 68459 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
SHELXC/D/E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.49→43.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.284 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3455 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 68457 96.3 %-
all-68457 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20.8 Å20.18 Å2
2--0.55 Å2-0.29 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→43.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2920 0 79 389 3388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223208
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.432.0054344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1535412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86925124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65115633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6431518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0511.52027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75523241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.86331276
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4324.51102
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 228 -
Rwork0.219 4552 -
obs--90.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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