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- PDB-2q3n: Agglutinin from Abrus Precatorius (APA-I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q3n
タイトルAgglutinin from Abrus Precatorius (APA-I)
要素
  • Agglutinin-1 A chain
  • Agglutinin-1 B chain
キーワードPLANT PROTEIN / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / IMMUNOTOXIN / AGGLUTININ ABRIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Abrus precatorius (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bagaria, A. / Surendranath, K. / Ramagopal, U.A. / Ramakumar, S. / Karande, A.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure-Function Analysis and Insights into the Reduced Toxicity of Abrus precatorius Agglutinin I in Relation to Abrin.
著者: Bagaria, A. / Surendranath, K. / Ramagopal, U.A. / Ramakumar, S. / Karande, A.A.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年6月26日ID: 2AMZ
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). Author stated the biological unit of the protein is a non-obligate tetramer.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin-1 A chain
B: Agglutinin-1 B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5795
ポリマ－58,9152
非ポリマー6643
水00
1
A: Agglutinin-1 A chain
B: Agglutinin-1 B chain
ヘテロ分子

A: Agglutinin-1 A chain
B: Agglutinin-1 B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,15810
ポリマ－117,8314
非ポリマー1,3276
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.122, 141.122, 105.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by a two fold rotation.

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要素

#1: タンパク質 Agglutinin-1 A chain


分子量: 28908.645 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 21-280 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Abrus precatorius (マメ科) / 参照: UniProt: Q9M6E9, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Agglutinin-1 B chain


分子量: 30006.816 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 281-547 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Abrus precatorius (マメ科) / 参照: UniProt: Q9M6E9
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, TRIS-HCL BUFFER, PH 8.5, , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→29.31 Å / Num. obs: 11360 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Abrin-a (PDB code: 1ABR)

1abr


解像度: 3.5→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 47.287 / SU ML: 0.35 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.58 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25547 1115 9.8 %RANDOM
Rwork0.19481 ---
obs0.20079 10246 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.741 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3983 0 45 0 4028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.9525621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4715506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.28524.27185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.52715664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1251524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.22007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.22765
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2821.52565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.52324100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.79831782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3874.51521
LS精密化 シェル解像度: 3.501→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 62 -
Rwork0.251 518 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.297-1.86410.62214.77331.27095.69210.18620.4475-0.0442-0.7555-0.23010.1431-0.0673-0.12040.0439-0.2275-0.0644-0.0062-0.3853-0.0158-0.133238.161660.134642.5006
26.2657-4.585-1.82066.35782.42765.2385-0.0793-0.2464-0.10880.1947-0.01480.41930.3774-0.35550.0941-0.3107-0.1936-0.0357-0.3564-0.1356-0.073231.866465.145761.3771
38.0848-2.3184-1.9678.24641.57384.9759-0.1498-0.2951-0.49630.52960.1030.70240.2374-0.1760.0467-0.3367-0.07390.1747-0.084-0.12870.039918.062379.883380.4323
48.5145-0.8131-2.48395.61310.29044.6492-0.0751-0.82820.34720.52140.4435-0.5965-0.15011.0232-0.3684-0.2807-0.115-0.0753-0.0579-0.3154-0.056445.259975.365273.231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 1663 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2AA167 - 248167 - 248
3X-RAY DIFFRACTION3BB7 - 1437 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4BB144 - 267144 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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