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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q3d | ||||||
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タイトル | 2.2 A Resolution Crystal Structure of O-Acetylserine Sulfhydrylase (OASS) From MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS in Complex with the Reaction Intermediate ALPHA-AMINOACRYLATE | ||||||
![]() | Cysteine synthase A | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Mycobacterium tuberculosis / Pyridoxal-5'-phosphate / sulphur metabolism / cysteine biosynthesis / alpha-aminoacrylate intermediate | ||||||
機能・相同性 | ![]() Cysteine synthesis from O-acetylserine / cysteine synthase / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / extracellular region / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schneider, G. / Schnell, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into Catalysis and Inhibition of O-Acetylserine Sulfhydrylase from Mycobacterium tuberculosis: CRYSTAL STRUCTURES OF THE ENZYME {alpha}-AMINOACRYLATE INTERMEDIATE ...タイトル: Structural Insights into Catalysis and Inhibition of O-Acetylserine Sulfhydrylase from Mycobacterium tuberculosis: CRYSTAL STRUCTURES OF THE ENZYME {alpha}-AMINOACRYLATE INTERMEDIATE AND AN ENZYME-INHIBITOR COMPLEX. 著者: Schnell, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The OASS forms a dimer, the second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y+1, -x+1, -z+1/2. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33067.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Rv2334 / 遺伝子: cysK / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A534, UniProt: P9WP55*PLUS, cysteine synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PDA / |
#3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.1 M HEPES, 80% MPD. SOAKED WITH 1 mM O-ACETYL-SERINE FOR 30 MINUTES BEFORE FREEZING., pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日 詳細: First mirror: Water-cooled vertically collimating cylindrical mirror (R = 7300 m). Second mirror: Toroid mirror for horizontal and vertical focusing (R=3300m, R=27mm). |
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator, Si(111). The first crystal is water cooled. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→71.8 Å / Num. all: 24607 / Num. obs: 24607 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3550 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2Q3B, Holoenzyme 解像度: 2.2→28.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 13.344 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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