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万見
- PDB-2q3a: Crystal Structure of Rhesus Macaque CD8 Alpha-Alpha Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q3a
タイトルCrystal Structure of Rhesus Macaque CD8 Alpha-Alpha Homodimer
要素CD8
キーワードIMMUNE SYSTEM / rhesus macaque / CD8 homodimer / immunoglobulin / MHC / complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Peng, H. / Chen, Y. / Zong, L. / Gao, F. / Liu, Y. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Rhesus Macaque CD8 Homodimer Sheds the Lights on the Molecular Basis of Rhesus Macaque MHC class I with CD8 Complex
著者: Zong, L. / Chen, Y. / Peng, H. / Cole, D.K. / Gao, F. / Liu, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE IN the UNP DATABASE AT THE TIME OF ...sequence THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE IN the UNP DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING. Author stated THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS UNDER GeneBank ACCESSION CODE: XP_001092778

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD8
B: CD8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1732
ポリマ－27,1732
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.543, 56.259, 82.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CD8


分子量: 13586.456 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Indian origin / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 24

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.05 M potassium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 8,000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月5日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 11471 / Num. obs: 11313 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1588

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AKJ

1akj


解像度: 2.2→35.85 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2566 719 RANDOM
Rwork0.2133 --
all-7021 -
obs-7018 -
原子変位パラメータBiso mean: 20.296 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 0 133 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006192
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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