PDB-2q32: Crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q32

タイトル

Crystal structure of human heme oxygenase-2 C127A (HO-2)

要素

Heme oxygenase 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HO-2 / HEME Oxygenase / Structural Genomics Medical Relevance / Structural Genomics Community Request / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / Heme degradation / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / Iron uptake and transport / Cytoprotection by HMOX1 / response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Comparison of Apo- and Heme-bound Crystal Structures of a Truncated Human Heme Oxygenase-2.
著者: Bianchetti, C.M. / Yi, L. / Ragsdale, S.W. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2007年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年1月15日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q32.cif.gz	108 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q32.ent.gz	82 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/2q32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/2q32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qppC 2rgzC 1n45S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rgz-d 5rwo-d 5rxo-d 3iiq-d 5rxf-d 5rxm-d 1tqd-2 5gxu-2 2nxn-d 1tq2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.91265

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heme oxygenase 2

B: Heme oxygenase 2

ヘテロ分子

62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.769, 86.017, 97.753
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MET	MET	A	A	30 - 240	30 - 240
2	ALA	ALA	B	B	31 - 240	31 - 240

詳細

The biological unit is a dimer (chains A & B in ASU).

#1: タンパク質	Heme oxygenase 2 / HO-2 分子量: 30491.271 Da / 分子数: 2 / 変異: C127A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Hs.284279, HMOX2, HO2 / プラスミド: pGEX 4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P30519, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物	ChemComp-OXN / OXTOXYNOL-10 / ALPHA-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENYL]-OMEGA-HYDROXYPOLY(OXY-1,2-ETHANEDIYL) / TRITON X-100 / 29-[4-(1,1,3,3-テトラメチルブチル)フェノキシ]-3,6,9,12,15,18,21,24,27-ノナオ(以下略) 分子量: 646.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₆₂O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 0.050 M Potassium chloride, 0.005 M Tris-HCl pH 8.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the well solution (40% PEG 1500, 0.20 M Potassium glutamate, 0.10 M ...詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 0.050 M Potassium chloride, 0.005 M Tris-HCl pH 8.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the well solution (40% PEG 1500, 0.20 M Potassium glutamate, 0.10 M Triethanolamine, pH 8.5). Cryoprotected with well solution, VAPOR DIFUSSION, HANGING DROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution (5 mg/ml Protein, 0.050 M Potassium chloride, 0.005 M Tris-HCl pH 8.5) mixed in a 1.5:1 ratio with the well solution (40% PEG 1500, 0.20 M Potassium glutamate, 0.10 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→49.148 Å / Num. obs: 28128 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.17 / Net I/σ(I): 13.505

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	3.9	0.608	1.929	2245	0.983	78.2
2.38-2.48	5.4	0.571		2488	1.015	86.5
2.48-2.59	6.8	0.483		2728	1.094	94.5
2.59-2.73	7.7	0.371		2878	1.082	99.2
2.73-2.9	8	0.266		2911	1.308	100
2.9-3.12	8.1	0.181		2902	1.424	100
3.12-3.44	8.1	0.121		2931	1.325	100
3.44-3.93	8	0.098		2945	1.131	100
3.93-4.95	7.9	0.069		2974	1.101	100
4.95-49.148	7.6	0.036		3126	1.015	99.8

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.478 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.475

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	49.15 Å
Translation	4 Å	49.15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1N45

1n45

解像度: 2.4→49.148 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.213 / SU B: 17.022 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.331 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	1275	5.056 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.204	25217	98.431 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.315 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.049 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.364 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.148 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3538	0	70	154	3762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	1.982	5072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.145	5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.67	25.072	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.946	15	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.585	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	2601
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.103	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.286	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.514	1.5	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.799	2	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.232	3	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.966	4.5	1552

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1675 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
MEDIUM THERMAL	0.63	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.336	82	0.263	1552	1864	87.661
2.462-2.53	0.363	76	0.264	1608	1796	93.764
2.53-2.603	0.406	84	0.251	1668	1794	97.659
2.603-2.683	0.281	83	0.252	1600	1696	99.233
2.683-2.77	0.278	80	0.259	1589	1669	100
2.77-2.867	0.298	78	0.24	1533	1611	100
2.867-2.975	0.271	89	0.232	1462	1551	100
2.975-3.096	0.343	76	0.223	1424	1500	100
3.096-3.233	0.263	87	0.2	1362	1449	100
3.233-3.39	0.29	70	0.202	1306	1376	100
3.39-3.573	0.288	71	0.192	1258	1329	100
3.573-3.788	0.276	66	0.183	1195	1261	100
3.788-4.048	0.266	66	0.178	1108	1174	100
4.048-4.37	0.153	61	0.158	1055	1116	100
4.37-4.784	0.214	53	0.171	970	1023	100
4.784-5.342	0.195	49	0.199	879	928	100
5.342-6.157	0.216	43	0.229	790	833	100
6.157-7.512	0.21	27	0.208	694	721	100
7.512-10.506	0.248	20	0.159	552	572	100
10.506-49.148	0.301	14	0.223	337	356	98.596

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3867	0.9854	-0.1486	2.1547	-0.3659	2.1897	0.0001	-0.0481	-0.1587	0.1784	-0.0279	0.0297	-0.0414	-0.0759	0.0278	-0.2701	0.0546	-0.0441	-0.2374	-0.0422	-0.1773	25.658	21.8173	6.717
2	3.1248	0.7763	0.3817	4.5599	-1.6589	4.4445	0.0218	0.0029	0.2004	0.1975	-0.2365	-0.7597	-0.2125	0.8885	0.2147	-0.1437	0.0096	-0.0572	-0.0656	0.0832	-0.0598	49.6902	15.5956	29.4417

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	29 - 42	29 - 42
2	1	A	A	43 - 62	43 - 62
3	1	A	A	63 - 133	63 - 133
4	1	A	A	134 - 162	134 - 162
5	1	A	A	163 - 181	163 - 181
6	1	A	A	182 - 203	182 - 203
7	1	A	A	204 - 229	204 - 229
8	1	A	A	230 - 241	230 - 241
9	2	B	B	31 - 43	31 - 43
10	2	B	B	44 - 65	44 - 65
11	2	B	B	66 - 115	66 - 115
12	2	B	B	116 - 132	116 - 132
13	2	B	B	133 - 154	133 - 154
14	2	B	B	155 - 176	155 - 176
15	2	B	B	177 - 196	177 - 196
16	2	B	B	197 - 218	197 - 218
17	2	B	B	219 - 242	219 - 242

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)