PDB-2q30: Crystal structure of a rmlc-like cupin protein (dde_2303) from de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q30

タイトル

Crystal structure of a rmlc-like cupin protein (dde_2303) from desulfovibrio desulfuricans subsp. at 1.94 A resolution

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Double-stranded beta-helix fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Cupin 2 conserved barrel domain protein

機能・相同性情報

生物種

Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein (YP_388795.1) from Desulfovibrio desulfuricans G20 at 1.94 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1,2,3,4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q30.cif.gz	186.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q30.ent.gz	149.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/2q30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/2q30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2emo-d 7a7u-d 4kw8-d 3gj1-3 6ofo-2 2a6b-d 6s68-d 4ar7-d 6aa6-2 2yfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 366877

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: 366877

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

97.8 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.140, 133.950, 74.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 6 - 108 / Label seq-ID: 7 - 109

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 12153.260 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20 (バクテリア) 生物種: Desulfovibrio desulfuricans / 株: subsp. desulfuricans str. G20 / 遺伝子: YP_388795.1, Dde_2303 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q30YZ6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.21	44.45
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	7.5	NANODROP, 35.0% PEG 3000, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	8	NANODROP, 40.0% PEG 3000, 0.2M Sodium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	5.0.3	1	1
シンクロトロン	ALS	5.0.2	2	0.9803

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年9月10日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年9月10日	Vertically collimating premirror, toroidal focusing hexapod mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Single crystal, cylindrically bent, asymmetrically cut Si(220) crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LN2 cooled double-crystal silicon (111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9803	1

反射

解像度: 1.94→29.025 Å / Num. obs: 60310 / % possible obs: 81.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 29.144 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.45

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.94-2.01	0.317	2.5	11800	7201	1,2	57
2.01-2.09	0.236	3.5	19617	10064	1,2	81.5
2.09-2.18	0.19	4.2	19992	9846	1,2	82.2
2.18-2.3	0.15	5.2	22535	10810	1,2	82.8
2.3-2.44	0.133	5.8	21975	10176	1,2	83.5
2.44-2.63	0.102	7.4	23637	10638	1,2	84.2
2.63-2.9	0.078	9.2	23742	10845	1,2	84.6
2.9-3.31	0.056	11.8	22591	10476	1,2	85.6
3.31-4.17	0.04	15.2	23160	10873	1,2	86.4
4.17-29.025	0.032	16.7	22884	10983	1,2	87.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.94→29.025 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 7.234 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.15
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	3173	5.3 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	60283	96.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.755 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0 Å²	0.8 Å²
2-	-	-2.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→29.025 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6366	0	33	654	7053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.791	1.966	9005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.288	3	10728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.561	5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.767	24.712	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.34	15	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.609	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.16	0.2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	4497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.108	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.151	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.951	3	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.584	3	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.306	5	6893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.724	8	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.636	11	2098

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1175 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
5	E	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
6	F	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
7	G	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
8	H	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.94	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.82	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.89	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.87	2
5	E	MEDIUM THERMAL	0.93	2
6	F	MEDIUM THERMAL	0.74	2
7	G	MEDIUM THERMAL	0.82	2
8	H	MEDIUM THERMAL	0.78	2

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.206	3476	-
obs	-	-	75.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5738	0.4372	-0.0586	2.3278	0.1472	0.687	-0.0089	-0.1054	-0.0861	0.2762	-0.0139	0.2636	0.0548	-0.1318	0.0228	-0.1125	0.0061	0.0281	-0.0439	0.0282	-0.1204	9.398	10.821	9.875
2	1.0237	0.2139	0.1864	1.9135	-0.4921	1.2364	0.0002	-0.0071	0.0574	0.1017	0.0056	-0.0543	-0.1056	0.0228	-0.0058	-0.1409	0.0123	0.0009	-0.0624	0.0151	-0.151	21.748	24.65	5.663
3	2.4662	0.6975	0.0164	1.8218	-0.0242	0.5975	0.0527	-0.0088	-0.1792	0.1912	-0.0309	0.1252	0.1353	-0.0805	-0.0218	-0.0902	0.0071	0.0159	-0.0419	-0.0004	-0.1387	27.818	8.011	44.707
4	1.4252	0.5066	-0.1039	1.2073	-0.0311	1.2506	0.0679	0.0825	0.1912	0.1124	0.0027	0.0294	-0.1241	0.0048	-0.0706	-0.1084	0.0096	0.0092	-0.0383	0.0185	-0.1245	39.752	22.493	42.517
5	0.9048	-0.6003	0.0639	3.6049	-0.0647	1.1737	-0.0852	-0.0675	0.0261	0.0603	0.1227	-0.106	-0.0097	-0.0492	-0.0375	-0.0928	0.0086	0.0232	-0.0325	-0.0076	-0.0774	27.975	61.35	11.037
6	0.3493	-0.6657	-0.0297	4.3234	-0.2451	1.4782	-0.0636	-0.147	-0.1301	0.3908	0.2309	0.3295	0.0713	-0.1724	-0.1672	-0.0345	0.006	0.0231	0.0142	0.0365	-0.0344	25.809	43.451	18.613
7	1.0811	-0.1765	-0.749	3.4012	-0.2019	2.6503	0.0457	0.0509	0.2022	-0.1414	0.2099	0.1546	-0.2293	-0.1436	-0.2557	-0.0764	0.0033	0.0275	-0.0116	0.0574	0.0092	46.41	58.343	51.974
8	0.669	-0.2472	-0.4839	3.2622	-0.2487	1.7433	-0.0601	0.0131	0.0603	0.0918	0.2925	0.482	0.275	-0.2424	-0.2325	-0.061	-0.0397	-0.031	0.0131	0.0797	-0.0326	43.486	39.9	56.927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 109	5 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	5 - 109	6 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	5 - 109	6 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 109	5 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	6 - 109	7 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	6 - 109	7 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	6 - 109	7 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	6 - 109	7 - 110

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