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万見
- PDB-2q2x: Crystal Structure of the ECH2 decarboxylase domain of CurF from L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2x
タイトルCrystal Structure of the ECH2 decarboxylase domain of CurF from Lyngbya majuscula
要素CurF
キーワードLYASE / CROTONASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting Protein - #20 / Light-harvesting Protein / CurL-like, PKS C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain ...Light-harvesting Protein - #20 / Light-harvesting Protein / CurL-like, PKS C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / : / Other non-globular / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Acyl transferase domain superfamily / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / GroES-like superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Special / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lyngbya majuscula (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Geders, T.W. / Mowers, J.C. / Smith, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the ECH2 catalytic domain of CurF from Lyngbya majuscula. Insights into a decarboxylase involved in polyketide chain beta-branching.
著者: Geders, T.W. / Gu, L. / Mowers, J.C. / Liu, H. / Gerwick, W.H. / Hakansson, K. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CurF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2843
ポリマ－27,0991
非ポリマー1842
水2,612145
1
A: CurF
ヘテロ分子

A: CurF
ヘテロ分子

A: CurF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8519
ポリマ－81,2983
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area28670 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.433, 105.433, 46.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3310-

HOH

21A-3398-

HOH

31A-3430-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y+1, x-y, z and -x+y+1, -x+1, z.

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要素

#1: タンパク質 CurF


分子量: 27099.365 Da / 分子数: 1 / 断片: ECH2 decarboxylase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lyngbya majuscula (バクテリア) / 株: 19L / 遺伝子: curF / プラスミド: pMCSG7:CurFd17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DNE7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.15
詳細: 1.5M sodium malonate pH 7.0, 50 mM HEPES pH 6.8, 20 mM Tris pH 7.9, 500 mM NaCl, 10% glycerol, pH 7.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332,0.97942,0.97956,0.95373
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.979421
30.979561
40.953731
Reflection

D res low: 50 Å / % possible obs: 100 / 冗長度: 5.9 %

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs
17.81501490.10112.325544
27.71325200.1021.012.422536
39.91495250.0881.022.325512
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955099.810.0421.0295.9
3.934.9510010.060.9955.9
3.443.9310010.0670.9695.9
3.123.4410010.0960.9775.9
2.93.1210010.1580.9945.9
2.732.910010.2221.0015.9
2.592.7310010.2940.9995.9
2.482.5910010.3660.9965.9
2.382.4810010.520.9895.8
2.32.3810010.6551.0035.8
5.175099.820.0381.0155.9
4.15.1710020.0541.0195.9
3.584.110020.0721.0225.9
3.263.5810020.0881.0135.9
3.023.2610020.1450.9945.9
2.853.0210020.2261.0135.9
2.72.8510020.3131.0075.9
2.592.710020.4171.0225.9
2.492.5910020.5140.9985.8
2.42.4910020.7061.0055.8
4.955099.830.0360.9945.9
3.934.9510030.0550.9975.9
3.443.9310030.0691.0025.9
3.123.4410030.0881.0015.9
2.93.1210030.1471.0065.9
2.732.910030.2151.0255.9
2.592.7310030.3031.0095.9
2.482.5910030.3771.0035.9
2.382.4810030.5361.0895.8
2.32.3810030.6721.0525.6
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 20390 / Num. obs: 20390 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 2020 / Χ2: 0.937 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97946.98-8.99
13 wavelength20.97963.65-9.19
13 wavelength30.95373.32-2.11
Phasing dmFOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.69 / 反射: 13133 / Reflection acentric: 11974 / Reflection centric: 1159
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-34.7830.950.950.93626479147
4.1-6.60.940.940.918161576240
3.3-4.10.910.920.8322402029211
2.9-3.30.790.80.6822482072176
2.5-2.90.570.580.4639183660258
2.3-2.50.320.320.322852158127

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.11位相決定
RESOLVE2.11位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→41.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.655 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1024 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.204 20378 99.91 %-
all-21970 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.711 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20.18 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 12 145 2044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.9772628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3275245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89724.77388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.58715348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5051510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.03721245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78231937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0546788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2929689
LS精密化 シェル解像度: 2→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 67 -
Rwork0.292 1434 -
obs-1501 99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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