PDB-2q1f: Crystal structure of chondroitin sulfate lyase abc from bacteroid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q1f

タイトル

Crystal structure of chondroitin sulfate lyase abc from bacteroides thetaiotaomicron wal2926

要素

Chondroitinase

キーワード

LYASE / ALPHA PLUS BETA

機能・相同性

機能・相同性情報

chondroitin-sulfate-ABC exolyase / chondroitin-sulfate-ABC exolyase activity / chondroitin B lyase activity / chondroitin AC lyase activity / chondroitin-sulfate-ABC endolyase activity / chondroitin sulfate proteoglycan catabolic process / dermatan sulfate proteoglycan catabolic process / carbon-oxygen lyase activity, acting on polysaccharides / glycosaminoglycan catabolic process / hyaluronate lyase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Shaya, D. / Cygler, M.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2008
タイトル: Composite active site of chondroitin lyase ABC accepting both epimers of uronic acid.
著者: Shaya, D. / Hahn, B.S. / Bjerkan, T.M. / Kim, W.S. / Park, N.Y. / Sim, J.S. / Kim, Y.S. / Cygler, M.

履歴

登録	2007年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

sequence THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE IN UNP DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q1f.cif.gz	398 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q1f.ent.gz	323.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q1f_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q1f_full_validation.pdf.gz	496.9 KB	表示
XML形式データ	2q1f_validation.xml.gz	75.9 KB	表示
CIF形式データ	2q1f_validation.cif.gz	97.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/2q1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nlf-d 3cf6-d 1n15-d 5ech-2 4mh0-d 4mgi-d 1gjq-d 1nir-d 3ony-d 5guw-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (2) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chondroitinase

B: Chondroitinase

ヘテロ分子

237 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chondroitinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
119 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chondroitinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
119 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	223.362, 223.362, 112.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	HIS	HIS	A	A	14 - 190	14 - 190
2	1	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	14 - 190	14 - 190
1	2	TRP	TRP	GLN	GLN	A	A	191 - 595	191 - 595
2	2	TRP	TRP	GLN	GLN	B	B	191 - 595	191 - 595
1	3	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	596 - 1014	596 - 1014
2	3	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	596 - 1014	596 - 1014

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Chondroitinase / Chondroitin Sulfate Lyase ABC 分子量: 117833.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: WAL2926 / 遺伝子: cslABC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3) 参照: UniProt: Q8A2I1, UniProt: C5G6D7*PLUS, chondroitin-sulfate-ABC exolyase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.25 %
結晶化	温度: 282 K / pH: 6.5 詳細: 17% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 100 mM HEPES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K, pH 6.50

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97233

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月26日
詳細: DOUBLE-CRYSTAL FIXED-EXIT SI- 111 MONOCHROMATOR (E/E~10-4) AND A PLANAR PALLADIUM-COATED SILICON MIRROR

放射

モノクロメーター: FLAT DOUBLE CRYSTAL KOHZU / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97233 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.1 % / Av σ(I) over netI: 14.6 / 数: 426753 / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.59 / D res high: 2.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 139387 / % possible obs: 94.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.02	50	99.7	1	0.029	2.087	3.2
5.58	7.02	100	1	0.043	2.261	3.3
4.87	5.58	99.9	1	0.049	2.454	3.3
4.43	4.87	100	1	0.045	2.07	3.3
4.11	4.43	100	1	0.051	1.94	3.3
3.87	4.11	100	1	0.063	1.759	3.3
3.67	3.87	100	1	0.078	1.582	3.3
3.51	3.67	100	1	0.091	1.328	3.3
3.38	3.51	100	1	0.115	1.151	3.3
3.26	3.38	100	1	0.159	1.072	3.2
3.16	3.26	99.8	1	0.195	1.02	3.1
3.07	3.16	98.2	1	0.262	0.999	2.9
2.99	3.07	91	1	0.32	0.952	2.5
2.92	2.99	75.4	1	0.382	0.979	2.1
2.85	2.92	56.7	1	0.4	0.887	1.7

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 71079 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.326 / % possible all: 56.7

-
位相決定

Phasing dm

FOM : 0.82 / FOM acentric: 0.82 / FOM centric: 0.8 / 反射: 71085 / Reflection acentric: 68330 / Reflection centric: 2755

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8.1-44.617	0.96	0.96	0.91	3298	2967	331
5.1-8.1	0.93	0.94	0.85	10019	9488	531
4.1-5.1	0.94	0.94	0.92	12559	12068	491
3.6-4.1	0.91	0.91	0.88	12651	12232	419
3.1-3.6	0.85	0.85	0.82	22275	21627	648
2.8-3.1	0.35	0.35	0.32	10283	9948	335

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE	2.11	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 34.325 / SU ML: 0.301 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.371 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	3599	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.222	67482	94.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.88 Å²	-0.94 Å²	0 Å²
2-	-	-1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15824	0	82	67	15973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	16276
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.007	1.959	22004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.167	5	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.854	23.603	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.472	15	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.287	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	12404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	7243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	10880
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.073	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.826	4	10119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.214	6	15822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.195	5	7070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.864	8	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	708	tight positional	0.01	0.05
2	1580	tight positional	0.02	0.05
3	1676	tight positional	0.02	0.05
1	713	loose positional	0.46	5
2	1598	loose positional	0.47	5
3	1637	loose positional	0.4	5
1	708	tight thermal	0.03	0.5
2	1580	tight thermal	0.03	0.5
3	1676	tight thermal	0.03	0.5
1	713	loose thermal	1.04	10
2	1598	loose thermal	1.34	10
3	1637	loose thermal	1.1	10

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.464	158	-
R_work	0.413	3102	-
obs	-	-	59.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3712	0.2923	-0.6384	3.9015	-0.6574	1.8825	0.4459	0.1616	0.2081	-0.5624	-0.1967	0.4142	-0.4138	-0.4758	-0.2492	-0.0362	0.259	-0.1059	-0.1426	0.0707	-0.3621	4.648	49.641	-5.755
2	1.9906	-2.0517	-0.3124	2.1159	0.3469	0.5651	0.079	-0.1098	-0.2742	-0.1882	0.0502	0.2202	0.0197	-0.1388	-0.1291	-0.2126	-0.0841	-0.0983	-0.2734	0.0263	-0.2248	21.262	19.148	4.159
3	2.535	-0.1225	-0.9124	2.6268	0.8616	3.2224	0.209	-0.4486	0.8645	-0.3544	0.1644	-0.5527	-0.3989	0.738	-0.3734	-0.2009	-0.2486	0.2304	-0.1144	-0.2187	0.0637	60.644	20.866	-0.603
4	4.3217	-0.2754	-0.5932	4.8352	-0.3618	2.6882	-0.1232	-0.3555	0.6515	0.3222	0.2657	1.096	-0.4051	-0.9293	-0.1425	0.0956	0.0575	0.1074	0.2006	-0.2273	0.6196	60.371	60.87	-37.304
5	1.4616	0.0061	-0.0678	3.3698	0.2642	0.8526	-0.1711	-0.0198	0.3987	-0.1516	0.0826	-0.3065	-0.2112	0.1462	0.0885	-0.0898	-0.169	0.0901	-0.1501	-0.1424	0.0103	90.886	43.518	-45.755
6	2.8999	0.2018	0.2743	1.9082	-0.1536	2.4803	-0.0917	-0.0411	-0.7187	0.0597	0.0763	-0.5855	0.4204	0.2853	0.0154	-0.0988	-0.0749	0.2222	-0.2989	-0.0737	0.0338	86.367	4.254	-45.978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	14 - 190	14 - 190
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	191 - 595	191 - 595
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	596 - 1014	596 - 1014
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	14 - 190	14 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	191 - 595	191 - 595
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	596 - 1014	596 - 1014

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)