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- PDB-2q0j: Structure of Pseudomonas Quinolone Signal Response Protein PqsE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q0j
タイトルStructure of Pseudomonas Quinolone Signal Response Protein PqsE
要素Quinolone signal response protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / quorum sensing / Pseudomonas Quinolone Signal / PQS / metall-beta-lactamase / iron / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / Quinolone signal response protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yu, S. / Jensen, V. / Feldmann, I. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure elucidation and preliminary assessment of hydrolase activity of PqsE, the Pseudomonas quinolone signal (PQS) response protein.
著者: Yu, S. / Jensen, V. / Seeliger, J. / Feldmann, I. / Weber, S. / Schleicher, E. / Haussler, S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2007年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinolone signal response protein
B: Quinolone signal response protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5118
ポリマ－73,0432
非ポリマー4686
水6,774376
1
A: Quinolone signal response protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7554
ポリマ－36,5221
非ポリマー2343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Quinolone signal response protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7554
ポリマ－36,5221
非ポリマー2343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.760, 66.090, 110.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Quinolone signal response protein


分子量: 36521.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cloned into NdeI/BamHI sites / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: pqsE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q02IG5, UniProt: P20581*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM imidazole, 0.6 M NaAc, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.82 Å / Num. obs: 36642 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.976 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.73
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured obs: 14165 / Num. unique all: 4717 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.336 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, TLS-REFINEMENT HAS BEEN USED THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1854 5.1 %RANDOM
Rwork0.151 ---
obs0.154 36641 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4854 0 22 376 5252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0214991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.9676779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.17538276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3665611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40222.48246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.04415821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.311559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.23651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.110.22527
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0530.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.5370.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3490.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9011.53048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5124844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79831943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0034.51935
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 140 -
Rwork0.161 2517 -
obs-2657 97.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.687-0.15260.04350.64110.19460.94320-0.0393-0.0288-0.0929-0.01050.09550.0109-0.09090.0104-0.056-0.01350.00460.00120.0027-0.059912.8492.19937.0219
20.7439-0.0979-0.1010.91540.00362.1341-0.073-0.1010.02490.19890.1205-0.0048-0.02970.0175-0.0476-0.05260.02630.02920.03740.0063-0.148124.98244.126349.0682
30.2596-0.04930.09980.39750.12940.62450.0007-0.0297-0.0286-0.0120.01680.08130.0009-0.032-0.0175-0.0672-0.02480.04160.00390.0179-0.067518.19062.285921.0519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-8 - 30112 - 321
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 30121 - 321
3X-RAY DIFFRACTION3AI999 - 12291 - 231
4X-RAY DIFFRACTION3BJ999 - 11431 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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