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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q0e | ||||||
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タイトル | Terminal uridylyl transferase 4 from Trypanosoma brucei with bound GTP | ||||||
![]() | RNA uridylyl transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TUTase / Trypanosoma / nucleotidyltransferase / UTP-binding / RNA-editing | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / kinetoplast / nucleotide binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stagno, J. / Luecke, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dual role of the RNA substrate in selectivity and catalysis by terminal uridylyl transferases. 著者: Stagno, J. / Aphasizheva, I. / Aphasizhev, R. / Luecke, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 776.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 788.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39879.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TUT4 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GTP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM sodium cacodylate, 200 mM calcium acetate, 18% PEG-8000, 4 mM MgCl2, 50 uM GTP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 日付: 2006年7月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→45.6 Å / Num. obs: 42059 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2IKF 解像度: 2.1→45.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.757 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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