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- PDB-2q0a: Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of Sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q0a
タイトルStructure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels
要素Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HCN2 / ion channel / cyclic nucleotide binding domain / C-linker / cGMP
機能・相同性
機能・相同性情報


HCN channels / cellular response to aldosterone / HCN channel complex / ammonium transmembrane transport / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity ...HCN channels / cellular response to aldosterone / HCN channel complex / ammonium transmembrane transport / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / cellular response to cGMP / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / voltage-gated potassium channel activity / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / dendrite membrane / cellular response to cAMP / dendritic shaft / regulation of membrane potential / PDZ domain binding / molecular adaptor activity / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Helix hairpin bin / Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Flynn, G.E. / Black, K.D. / Islas, L.D. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels.
著者: Flynn, G.E. / Black, K.D. / Islas, L.D. / Sankaran, B. / Zagotta, W.N.
履歴
登録2007年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5464
ポリマ－46,8552
非ポリマー6902
水3,873215
1
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0928
ポリマ－93,7114
非ポリマー1,3814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area11870 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38190 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7732
ポリマ－23,4281
非ポリマー3451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

A: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,18416
ポリマ－187,4228
非ポリマー2,7628
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation7_555-y+1/2,x+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_555y+1/2,-x+1/2,z+1/21
Buried area28350 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area71350 Å2
手法PISA
4
B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子

B: Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0928
ポリマ－93,7114
非ポリマー1,3814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.734, 94.734, 124.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a tetramer generated from a single monomer chain A in the asymmetric unit by the operations: x,y,z (1_555) -y+1,x,z (3_655) y,-x+1,z (4_565) -x+1,-y+1,z (2_665) or From monomer chain B in the asymmetric unit by the operations: x,y,z (1_555) y,-x,z (4_555) -y,x,z (3_555) -x,-y,z (2_555)

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要素

#1: タンパク質 Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2 / Brain cyclic nucleotide-gated channel 2 / BCNG-2 / Hyperpolarization-activated cation channel 1 / HAC-1


分子量: 23427.734 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (residues 443-640) / 変異: I636D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hcn2, Bcng2, Hac1 / プラスミド: pHMalc2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: O88703
#2: 化合物 ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10 % w/v PEG 8000, 0.5 M NaCl, 15 % Glycerol, 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.43
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 27611 / Num. obs: 27611 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.043 / Χ2: 1.115 / Net I/σ(I): 45
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 2764 / Rsym value: 0.241 / Χ2: 1.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q5o.pdb

1q5o


解像度: 2.25→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 83
詳細: Coordinates from twinned data minimization refinement, twinning operator= -k,-h,-l twinning fraction= 0.43. The densities of loop region 566-570 in both monomers are not well determined.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 2349 9.1 %
Rwork0.209 --
obs-25720 99.1 %
溶媒の処理Bsol: 36.52 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 38.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.711 Å20 Å20 Å2
2---7.711 Å20 Å2
3---15.423 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3206 0 46 215 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.849
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ligand.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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