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- PDB-2py9: Protein-RNA Interaction involving KH1 domain from Human Poly(C)-B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2py9
タイトルProtein-RNA Interaction involving KH1 domain from Human Poly(C)-Binding Protein-2
要素
  • 12-mer C-rich strand of human telomeric RNA
  • Poly(rC)-binding protein 2
キーワードRNA AND DNA binding protein/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / RNA AND DNA binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / promoter-enhancer loop anchoring activity / IRES-dependent viral translational initiation / chromatin looping / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / lncRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling ...mRNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / promoter-enhancer loop anchoring activity / IRES-dependent viral translational initiation / chromatin looping / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / lncRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / single-stranded DNA binding / defense response to virus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / innate immune response / viral RNA genome replication / focal adhesion / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Poly(rC)-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者James, T.L. / Du, Z. / Lee, J.K.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2007
タイトル: X-ray crystallographic and NMR studies of protein-protein and protein-nucleic acid interactions involving the KH domains from human poly(C)-binding protein-2.
著者: Du, Z. / Lee, J.K. / Fenn, S. / Tjhen, R. / Stroud, R.M. / James, T.L.
履歴
登録2007年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 12-mer C-rich strand of human telomeric RNA
F: 12-mer C-rich strand of human telomeric RNA
A: Poly(rC)-binding protein 2
B: Poly(rC)-binding protein 2
C: Poly(rC)-binding protein 2
D: Poly(rC)-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0956
ポリマ－40,0956
非ポリマー00
水91951
1
E: 12-mer C-rich strand of human telomeric RNA
A: Poly(rC)-binding protein 2
B: Poly(rC)-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0473
ポリマ－20,0473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 12-mer C-rich strand of human telomeric RNA
C: Poly(rC)-binding protein 2
D: Poly(rC)-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0473
ポリマ－20,0473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.006, 58.697, 71.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 13 - 80 / Label seq-ID: 4 - 71

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AC
21BD
12CE
22DF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細biological assembly is 2 homo-dimers binding to 2 independent strands of RNA. One homo-dimer is present in the asymmetric unit. The others are generated via the two-fold axis.

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要素

#1: RNA鎖 12-mer C-rich strand of human telomeric RNA


分子量: 3715.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Poly(rC)-binding protein 2 / Alpha-CP2 / hnRNP-E2


分子量: 8166.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCBP2 / プラスミド: pet24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(de3) / 参照: UniProt: Q15366
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 25% PEG 8000, 100mM sodium acetate, 100mM sodium cacodylate pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2sodium acetate11
3sodium cacodylate11
4PEG 800012
5sodium acetate12
6sodium cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月29日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→70.1 Å / Num. all: 12378 / Num. obs: 11660 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.56→2.626 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 90.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 19.899 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.966 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26862 591 4.8 %RANDOM
Rwork0.21798 ---
obs0.22038 11656 94.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2132 490 0 51 2673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0222692
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3062.2283704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4755275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.424.28677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.315458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.6561516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2860.21124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3380.21816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3210.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5531.51422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13922213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4231500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0044.51491
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 517 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.430.05
2Ctight positional0.410.05
1Atight thermal0.50.5
2Ctight thermal0.640.5
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.626 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 47 -
Rwork0.365 785 -
obs--90.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2547-1.02910.19422.6141.64612.5880.190.40520.7385-0.1125-0.2173-0.07440.0024-0.09230.02730.02690.02190.0546-0.00970.12630.1744-4.1489-16.54739.2691
24.0203-0.9427-0.84092.3005-0.93262.95440.1552-0.41440.70490.07160.0711-0.15940.02360.2817-0.22630.0262-0.0344-0.0090.0072-0.12310.1381.3077-16.89527.2324
35.93470.2890.31532.49191.19910.8001-0.0207-0.4211-0.30010.0624-0.12060.05190.0632-0.23280.14130.05210.0087-0.01630.1665-0.0138-0.035816.062-10.4995-15.6771
41.88980.05710.35115.27710.33354.4422-0.09780.2101-0.53480.1256-0.00490.18220.21430.03620.1028-0.02590.10490.06620.11120.04040.0598-17.9453-7.579452.0541
5000000000000000000000000
6000000000000000000000000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC13 - 804 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2BD13 - 804 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3CE13 - 804 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4DF13 - 804 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5EA1 - 121 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6FB1 - 121 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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