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万見
- PDB-2px0: Crystal structure of FlhF complexed with GMPPNP/Mg(2+) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2px0
タイトルCrystal structure of FlhF complexed with GMPPNP/Mg(2+)
要素Flagellar biosynthesis protein flhF
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SRP GTPase / flagellum / protein transport
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum organization / signal recognition particle binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting / protein transport / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar FlhF biosynthesis protein, N domain / : / Flagellar biosynthesis protein FlhF, N domain / Flagellar biosynthesis protein FlhF / : / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Flagellar FlhF biosynthesis protein, N domain / : / Flagellar biosynthesis protein FlhF, N domain / Flagellar biosynthesis protein FlhF / : / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Flagellar biosynthesis protein FlhF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bange, G. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the third signal-recognition particle GTPase FlhF reveals a homodimer with bound GTP.
著者: Bange, G. / Petzold, G. / Wild, K. / Parlitz, R.O. / Sinning, I.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthesis protein flhF
B: Flagellar biosynthesis protein flhF
C: Flagellar biosynthesis protein flhF
D: Flagellar biosynthesis protein flhF
E: Flagellar biosynthesis protein flhF
F: Flagellar biosynthesis protein flhF
G: Flagellar biosynthesis protein flhF
H: Flagellar biosynthesis protein flhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,82924
ポリマ－267,4578
非ポリマー4,37216
水43224
1
A: Flagellar biosynthesis protein flhF
E: Flagellar biosynthesis protein flhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9576
ポリマ－66,8642
非ポリマー1,0934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagellar biosynthesis protein flhF
F: Flagellar biosynthesis protein flhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9576
ポリマ－66,8642
非ポリマー1,0934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Flagellar biosynthesis protein flhF
G: Flagellar biosynthesis protein flhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9576
ポリマ－66,8642
非ポリマー1,0934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Flagellar biosynthesis protein flhF
H: Flagellar biosynthesis protein flhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9576
ポリマ－66,8642
非ポリマー1,0934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.649, 111.376, 112.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Flagellar biosynthesis protein flhF / Flagella-associated GTP-binding protein


分子量: 33432.180 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: flhF / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01960
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13 % (w/v) PEG6000, 4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M MOPS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月31日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→111.8 Å / Num. obs: 51671 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.519 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NG domain of FlhF/GTP ( residues: 109 - 215 and 218 - 366)

解像度: 3→62.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 691362.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 2540 5 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 51121 98.8 %-
all-51659 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.1828 Å2 / ksol: 0.31394 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.73 Å0.69 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→62.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16336 0 264 24 16624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.52.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 441 5.2 %
Rwork0.376 8062 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gnp.pargnp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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