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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pwj | ||||||
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タイトル | Structure of a mitochondrial type II peroxiredoxin from Pisum sativum | ||||||
![]() | Mitochondrial peroxiredoxin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha and beta protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lopez-Jaramillo, F.J. / Barranco-Medina, S. / Lazaro, J.J. / Santoyo-Gonzalez, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a mitochondrial type II peroxiredoxin from Pisum sativum 著者: Lopez-Jaramillo, F.J. / Barranco-Medina, S. / Lazaro, J.J. / Santoyo-Gonzalez, F. #1: ![]() タイトル: Cloning, overexpression, purification and preliminary crystallographic studies of a mitochondrial type II peroxiredoxin from Pisum sativum 著者: Barranco-Medina, S. / Lopez-Jaramillo, F.J. / Bernier-Villamor, L. / Sevilla, F. / Lazaro, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 186.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly seems to be a dimer althoug hexameric forms have been detected. This point is beind elucidated by biochemical experiments and analysis of this structure |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18464.836 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG2000, citrate, NaCl, DTT, 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: BRUKER PLATINUM 200 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日 / 詳細: Microstar micro-focus | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.39→71.9 Å / Num. all: 30073 / Num. obs: 30073 / % possible obs: 65.79 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.08 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Limit h max: 20 / Limit h min: -24 / Limit k max: 25 / Limit k min: -24 / Limit l max: 31 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1058698.45 / Observed criterion F min: 1.31 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 15.416 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 0.613 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.3 / Cor.coef. Io to Ic: 0.231
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: model generated by EasyPed3D Web Server 1.0 解像度: 2.8→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 7476 Nonpolymer 0 Solvent 0 CNS ...詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 7476 Nonpolymer 0 Solvent 0 CNS Parameter files: CNS_TOPPAR/protein_rep.param CNS_TOPPAR/carbohydrate.param CNS Topology files: CNS_TOPPAR/protein.top CNS_TOPPAR/carbohydrate.top
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 14.9103 Å2 / ksol: 0.296614 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 39.46 Å2 / Biso mean: 14.29 Å2 / Biso min: 5.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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