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- PDB-2pwj: Structure of a mitochondrial type II peroxiredoxin from Pisum sativum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pwj
タイトルStructure of a mitochondrial type II peroxiredoxin from Pisum sativum
要素Mitochondrial peroxiredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha and beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutaredoxin-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lopez-Jaramillo, F.J. / Barranco-Medina, S. / Lazaro, J.J. / Santoyo-Gonzalez, F.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a mitochondrial type II peroxiredoxin from Pisum sativum
著者: Lopez-Jaramillo, F.J. / Barranco-Medina, S. / Lazaro, J.J. / Santoyo-Gonzalez, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Cloning, overexpression, purification and preliminary crystallographic studies of a mitochondrial type II peroxiredoxin from Pisum sativum
著者: Barranco-Medina, S. / Lopez-Jaramillo, F.J. / Bernier-Villamor, L. / Sevilla, F. / Lazaro, J.J.
履歴
登録2007年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial peroxiredoxin
B: Mitochondrial peroxiredoxin
C: Mitochondrial peroxiredoxin
D: Mitochondrial peroxiredoxin
E: Mitochondrial peroxiredoxin
F: Mitochondrial peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7896
ポリマ－110,7896
非ポリマー00
水00
1
A: Mitochondrial peroxiredoxin
C: Mitochondrial peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9302
ポリマ－36,9302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitochondrial peroxiredoxin
F: Mitochondrial peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9302
ポリマ－36,9302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Mitochondrial peroxiredoxin
E: Mitochondrial peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9302
ポリマ－36,9302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.880, 66.400, 77.230
Angle α, β, γ (deg.)102.94, 104.44, 99.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly seems to be a dimer althoug hexameric forms have been detected. This point is beind elucidated by biochemical experiments and analysis of this structure

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial peroxiredoxin


分子量: 18464.836 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: prx / プラスミド: pET3d_Prx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6KBB1, peroxiredoxin

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG2000, citrate, NaCl, DTT, 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER PLATINUM 200 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月2日 / 詳細: Microstar micro-focus
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→71.9 Å / Num. all: 30073 / Num. obs: 30073 / % possible obs: 65.79 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.08 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Limit h max: 20 / Limit h min: -24 / Limit k max: 25 / Limit k min: -24 / Limit l max: 31 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1058698.45 / Observed criterion F min: 1.31 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 15.416
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rsym value
2.4-2.480.078
2.48-2.580.103
2.58-2.70.094
2.7-2.840.092
2.84-3.020.083
3.02-3.260.073
3.26-3.580.067
3.58-4.10.066
4.1-5.170.065
5.170.063

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.613 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.3 / Cor.coef. Io to Ic: 0.231
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å8 Å
Translation2.7 Å8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTV7.12Aデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
XPREPデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model generated by EasyPed3D Web Server 1.0

解像度: 2.8→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 7476 Nonpolymer 0 Solvent 0 CNS ...詳細: Cross-validation method: -> "throughout" Free R value test set selection criteria: -> "random" Number of non-hydrogen atoms used in refinement. Polymer 7476 Nonpolymer 0 Solvent 0 CNS Parameter files: CNS_TOPPAR/protein_rep.param CNS_TOPPAR/carbohydrate.param CNS Topology files: CNS_TOPPAR/protein.top CNS_TOPPAR/carbohydrate.top
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 2544 9.9 %RANDOM
Rwork0.277 ---
all0.298 27653 --
obs0.298 25728 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 14.9103 Å2 / ksol: 0.296614 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 39.46 Å2 / Biso mean: 14.29 Å2 / Biso min: 5.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.53 Å2-4.01 Å25.77 Å2
2---5.66 Å2-0.18 Å2
3----1.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.53 Å
Luzzati d res high-2.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7476 0 0 0 7476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.93
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.971.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.412
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.172.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8-2.930.39925110.90.38820620.0253471231366.6
2.93-3.080.382669.10.34626690.0233465293584.7
3.08-3.270.341341100.32630560.0183451339798.4
3.27-3.520.333269.50.30930990.0183447342599.4
3.52-3.870.293179.20.27731240.0163471344199.1
3.87-4.420.249343100.23130800.0133464342398.8
4.42-5.520.25534910.20.23130680.0143459341798.8
5.52-14.980.23235110.40.24230260.0123452337797.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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