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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pw7 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Staphylococcal nuclease variant V66Y/P117G/H124L/S128A at 100K | ||||||
要素 | ThermonucleaseMicrococcal nuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Staphylococcal nuclease / nuclease (ヌクレアーゼ) / hyperstable variant / internal waters (内水) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Schlessman, J.L. / Abe, C. / Garcia-Moreno, E.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2008 タイトル: Crystallographic study of hydration of an internal cavity in engineered proteins with buried polar or ionizable groups. 著者: Schlessman, J.L. / Abe, C. / Gittis, A. / Karp, D.A. / Dolan, M.A. / Garcia-Moreno E, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pw7.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pw7.ent.gz | 26.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pw7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/2pw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/2pw7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16826.320 Da / 分子数: 1 / 変異: V66Y, P117G, H124L, S128A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nuc / プラスミド: lambda / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AR120 参照: UniProt: Q8NXI6, UniProt: A5A513*PLUS, micrococcal nuclease |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 38% MPD, 0.025 M potassium phosphate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: その他 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月21日 / 詳細: none |
放射 | モノクロメーター: GE111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 8562 / Num. obs: 8561 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.04 % / Rmerge(I) obs: 0.0221 / Net I/σ(I): 34 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 5.98 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 5.23 / Num. unique all: 1109 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Staphylococcal nuclease V66E/P117G/H124L/S128A variant (at 100K), with b-factors set to 20.0 A^2 and residue 66 truncated to Ala; waters excluded 解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 59.111 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å
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Xplor file |
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