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- PDB-2pvu: Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pvu
タイトルCrystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein ArtJ from the thermophilic bacterium Geobacillus stearothermophilus
要素ArtJ
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BASIC AMINO ACID BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORT SYSTEM / THERMOPHILIC BACTERIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Vahedi-Faridi, A. / Scheffel, F. / Eckey, V. / Saenger, W. / Schneider, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures and mutational analysis of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein ArtJ from Geobacillus stearothermophilus. Implications for interactions of ArtJ with its ...タイトル: Crystal structures and mutational analysis of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein ArtJ from Geobacillus stearothermophilus. Implications for interactions of ArtJ with its cognate ATP-binding cassette transporter, Art(MP)2
著者: Vahedi-Faridi, A. / Eckey, V. / Scheffel, F. / Alings, C. / Landmesser, H. / Schneider, E. / Saenger, W.
履歴
登録2007年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ArtJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1215
ポリマ－29,6861
非ポリマー4354
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.268, 73.887, 102.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-391-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer generated from either polypeptide chain in the AU.

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要素

#1: タンパク質 ArtJ


分子量: 29685.635 Da / 分子数: 1 / 変異: C1G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: Geobacillus stearothermophilus DSMZ 13240 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: D0VWX8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammoniumsulfate, 30.5 % w/v polyethylene glycol (PEG) 2000 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月23日 / 詳細: mirrirs
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 21953 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 23.49
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1713 / % possible all: 66.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→51.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.935 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22385 1178 5.1 %RANDOM
Rwork0.17447 ---
obs0.17689 21953 93.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.127 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å20 Å2
2--3.53 Å20 Å2
3----2.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→51.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1831 0 25 154 2010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9842560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8465238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92326.62580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45815359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.114152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0810.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.041.51213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53821894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8933782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.484.5664
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 47 -
Rwork0.203 1143 -
obs--66.48 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.6949 Å / Origin y: 19.3176 Å / Origin z: 12.1198 Å
111213212223313233
T-0.0689 Å20.0057 Å2-0.0071 Å2--0.0873 Å20.0258 Å2---0.0476 Å2
L1.4817 °20.0463 °20.1136 °2-0.6098 °20.1971 °2--2.4958 °2
S0.0435 Å °-0.0537 Å °-0.047 Å °-0.0013 Å °0.0095 Å °0.0239 Å °0.0517 Å °-0.0687 Å °-0.053 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA17 - 10638 - 127
2X-RAY DIFFRACTION1AA108 - 193129 - 214
3X-RAY DIFFRACTION1AA194 - 203215 - 224
4X-RAY DIFFRACTION1AA204 - 251225 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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