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- PDB-2pvi: PVUII ENDONUCLEASE COMPLEXED TO AN IODINATED COGNATE DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pvi
タイトルPVUII ENDONUCLEASE COMPLEXED TO AN IODINATED COGNATE DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*(C38)P*TP*GP*GP*TP*C)-3')
  • TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII
キーワードHYDROLASE/DNA / COMPLEX (RESTRICTION ENDONUCLEASE-DNA) / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PVUII Endonuclease, subunit A / Restriction endonuclease, type II, PvuII / Restriction endonuclease, type II, PvuII superfamily / Restriction endonuclease PvuII / PvuII Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme PvuII
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Horton, J. / Cheng, X.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: How is modification of the DNA substrate recognized by the PvuII restriction endonuclease?
著者: Horton, J.R. / Bonventre, J. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1994
タイトル: Expression, Purification, and Crystallization of Restriction Endonuclease PvuII with DNA Containing its Recognition Site
著者: Balendiran, K. / Bonventre, J. / Knott, R. / Jack, W. / Benner, J. / Schildkraut, I. / Anderson, J.E.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Structure of PvuII Endonuclease with Cognate DNA
著者: Cheng, X. / Balendiran, K. / Schildkraut, I. / Anderson, J.E.
履歴
登録1998年11月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*(C38)P*TP*GP*GP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*(C38)P*TP*GP*GP*TP*C)-3')
A: TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII
B: TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6294
ポリマ－44,6294
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.800, 86.300, 48.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*(C38)P*TP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4093.481 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 TYPE II RESTRICTION ENZYME PVUII / E.C.3.1.21.4 / ENDONUCLEASE PVUII / R.PVUII


分子量: 18220.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / プラスミド: PPR594 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PR653
参照: UniProt: P23657, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.76→19.5 Å / % possible obs: 77.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.84 Å / % possible all: 23.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PVI

1pvi


解像度: 1.76→19.5 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: TWO CONFORMATIONS EXIST FOR HIS A84 AND HIS B84.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2929 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 115233 77.3 %-
all-115233 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 528 2 166 3289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.84 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor%反射
Rfree0.313 -
Rwork0.298 -
obs-23.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARRAM11.DNATOPH11.DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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