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- PDB-2pvh: Structure-Based Design of Pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazine Derivati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pvh
タイトルStructure-Based Design of Pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazine Derivatives as Potent Inhibitors of Protein Kinase CK2
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / Structure-Based Drug Design / Enzyme-Inhibitor Complex / Casein Kinase II / Protein Kinase CK2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P19 / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nie, Z. / Perretta, C. / Erickson, P. / Margosiak, S. / Almassy, R. / Lu, J. / Averill, A. / Yager, K.M. / Chu, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Structure-based design, synthesis, and study of pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazine derivatives as potent inhibitors of protein kinase CK2.
著者: Nie, Z. / Perretta, C. / Erickson, P. / Margosiak, S. / Almassy, R. / Lu, J. / Averill, A. / Yager, K.M. / Chu, S.
履歴
登録2007年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7532
ポリマ－41,4501
非ポリマー3021
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.294, 59.274, 44.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-659-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II / CK2-alpha / Protein kinase CK2 alpha


分子量: 41450.465 Da / 分子数: 1 / 変異: V256A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ACK2 / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P28523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-P19 / N,N'-DIPHENYLPYRAZOLO[1,5-A][1,3,5]TRIAZINE-2,4-DIAMINE


分子量: 302.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 4000, 0.20M Sodium Acetate, 0.10M TrisHCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 107 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC CONFOCAL MAX-FLUX MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 18543 / Num. obs: 18543 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1796 / Χ2: 1.075 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
CNX位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1OM1 PROTEIN MODEL

1om1


解像度: 2.2→50 Å / FOM work R set: 0.847 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1767 -RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.196 18005 --
obs0.196 18005 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.933 Å20 Å22.149 Å2
2---11.559 Å20 Å2
3---2.627 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.321 Å0.249 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.303 Å0.226 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 23 161 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0056
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.992.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 35

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.2-2.220.395320.313333365
2.22-2.240.37610.269464525
2.24-2.270.37410.264402443
2.27-2.290.244380.25428466
2.29-2.320.243510.213428479
2.32-2.340.321510.25456507
2.34-2.370.286500.205467517
2.37-2.40.277440.2442486
2.4-2.430.288450.194450495
2.43-2.460.215540.185465519
2.46-2.490.273400.202496536
2.49-2.530.297370.193455492
2.53-2.570.253510.189468519
2.57-2.610.29540.205449503
2.61-2.650.284460.218490536
2.65-2.70.296530.243450503
2.7-2.750.288610.205437498
2.75-2.80.239610.185474535
2.8-2.860.264420.201499541
2.86-2.920.269610.204442503
2.92-2.990.257590.201489548
2.99-3.060.24430.19455498
3.06-3.140.242490.209485534
3.14-3.240.242540.186490544
3.24-3.340.255550.207455510
3.34-3.460.256570.202482539
3.46-3.60.276490.2476525
3.6-3.760.268460.194501547
3.76-3.960.192490.177473522
3.96-4.210.193510.155497548
4.21-4.530.162600.148477537
4.53-4.990.151430.14501544
4.99-5.710.221590.196475534
5.71-7.20.213620.205483545
7.2-500.010.178580.173504562

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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