PDB-2pv4: CRYSTAL STRUCTURE OF AN UNCHARACTERIZED PROTEIN FROM DUF3069 FAMI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pv4

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF AN UNCHARACTERIZED PROTEIN FROM DUF3069 FAMILY (SAMA_2622) FROM SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B AT 1.95 A RESOLUTION

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

Sama2622-like fold / Sama2622-like / Protein of unknown function DUF3069 / Sama2622-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3069) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DUF3069 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Shewanella amazonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein (YP_928494.1) from Shewanella amazonensis SB2B at 1.95 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pv4.cif.gz	46 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pv4.ent.gz	31.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pv4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pv4_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pv4_full_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示
XML形式データ	2pv4_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	2pv4_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/2pv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/2pv4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5qri-d 4r2p-d 2uz8-2 5kl4-1 1v8l-d 6ndw-d 5qrj-d 5qrn-d 4ljn-d 3m5m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 373751

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.957, 47.283, 98.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 16577.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella amazonensis (バクテリア) 株: SB2B / 遺伝子: YP_928494.1, Sama_2622 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1S8W8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: NANODROP, 2.4M (NH4)2SO4, 0.1M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97936, 0.97922

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97936	1
3	0.97922	1

反射

解像度: 1.95→29.062 Å / Num. obs: 12889 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 35.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.95-2	4	0.604	1.3	3769	942	0.604	100
2-2.06	4	0.488	1.6	3654	911	0.488	100
2.06-2.12	4	0.383	1.9	3524	884	0.383	100
2.12-2.18	4	0.297	2.5	3417	850	0.297	100
2.18-2.25	4	0.258	2.7	3351	847	0.258	100
2.25-2.33	4	0.225	3.2	3156	788	0.225	100
2.33-2.42	4	0.152	4.8	3134	786	0.152	100
2.42-2.52	4	0.134	5.3	3024	756	0.134	100
2.52-2.63	4	0.115	6.1	2891	728	0.115	100
2.63-2.76	3.9	0.098	6.9	2770	702	0.098	100
2.76-2.91	4	0.091	7.1	2601	654	0.091	100
2.91-3.08	3.9	0.083	7.7	2476	632	0.083	100
3.08-3.3	3.9	0.07	8.8	2387	611	0.07	100
3.3-3.56	3.9	0.059	9.9	2139	546	0.059	100
3.56-3.9	3.9	0.051	12	2012	518	0.051	100
3.9-4.36	3.8	0.047	13.2	1825	476	0.047	100
4.36-5.03	3.8	0.052	11.5	1608	425	0.052	100
5.03-6.17	3.6	0.055	10.4	1335	368	0.055	100
6.17-8.72	3.5	0.042	14.1	1030	292	0.042	99.9
8.72-29.06	3	0.035	18.4	525	173	0.035	95.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.062 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 7.71 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.158
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	627	4.9 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
all	0.208	-	-	-
obs	0.208	12845	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.368 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1106	0	12	71	1189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.351	1.968	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.007	3	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.934	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.727	23.774	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.178	15	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.233	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	607
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.225	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.21	3	789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.547	3	305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.475	5	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.572	8	476
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.654	11	410

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	46	-
R_work	0.281	897	-
obs	-	943	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.6117 Å / Origin y: 42.798 Å / Origin z: 9.4737 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0728 Å²	0.0079 Å²	-0.0091 Å²	-	-0.0644 Å²	-0.0534 Å²	-	-	-0.0283 Å²
L	0.6516 °²	0.4619 °²	0.116 °²	-	2.1066 °²	1.0406 °²	-	-	2.2875 °²
S	0.0088 Å °	0.032 Å °	-0.1561 Å °	-0.1444 Å °	-0.0984 Å °	0.3315 Å °	-0.2922 Å °	-0.0537 Å °	0.0896 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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